深海熱水活動域には、シンカイヒバリガイ、アルビンガイ、スケーリーフット、シロウリガイなど陸上では見る事が出来ないユニークな生態系が存在する。これらの生物は、体内に硫黄、メタンといった物質の酸化によるエネルギーを用いて栄養や体の成分を合成することができる微生物を共生させ、太陽光が届かない暗黒の世界である深海においても多様な生態系を築いている。その中心的役割をなすのが細胞内に共生する化学合成微生物であり、宿主動物は共生微生物の増殖•死滅を直接的あるいは間接的にコントロールすることで自分自身の生命を維持している。この化学合成共生システムのマニュアルが、宿主あるいは共生細菌のゲノムに書き込まれている。そこで、あらゆるタイプの宿主動物ゲノムあるいは共生微生物ゲノムの比較ゲノム解析により化学合成共生システムにおける根幹となる法則を解明する研究を行っている。
