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環境メタゲノム解析研究チーム

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2013年

[原著論文]

  1. Guiomar Sánchez-Carrón, María Inmaculada García-García, Rubén Zapata-Pérez, Hideto Takami, Francisco García-Carmona, Álvaro Sánchez Ferrer (2013) Biochemical and mutational analysis of a novel nicotinamidase from Oceanobacillus iheyensis HTE831. PLoS ONE 8 (2), e56727

  2. Sayaka Hori, Masashi Tsuchiya, Shinro Nishi, Wataru Arai, Takao Yoshida, and Hideto Takami (2013) Active bacterial flora surrounding foraminifera (Xenophyophorea) living on the deep-sea floor. Biosci. Biotech. Biochem. 77 (2), 381-384

[掲載紙]

  1. 毎日新聞朝刊 (2013年1月29日付):温泉の不思議 下、進化解明の手がかり (好熱性細菌次々発見)

[本・総説、その他]

  1. 小林英城 (2013) カイコウオオソコエビから精製した新規セルラーゼの性質と機能. BIO INDUSTRY 30 (4), 44-51

  2. 高見英人 (2013) 初期生命に最も近いバクテリア. 化学と生物, 51 (4), 214-222

2012年

[原著論文]

  1. Hideto Takami, Takeaki Taniguchi, Yuki Moriya, Tomomi Kuwahara, Minoru Kanehisa, and Susumu Goto (2012) Evaluation method for potential functionome harbored in genome and metagenome. BMC Genomics 13, 699

  2. Masaaki Konishi, Shinro Nishi, Hideto Takami, Yasuhiro Shimane, Yuriko Nagano, Kozue Mori, Yukari Ohta, Yuji Hatada (2012) Unique substrate specificity of a thermostable glycosyl hydrolase from uncultured Anaerolinea, derived from bacterial mat on a subsurface geothermal water stream. Biotechnol. Lett. 34, 1887-1893

  3. Hideki Kobayashi, Yuji Hatada, Taishi Tsubouchi, Takahiko Nagahama, and Hideto Takami (2012) The hadal amphipod Hirondellea gigas possessing a unique cellulase for digesting wooden debris buried in the deepest seafloor. PLoS ONE 7 (8) e42727.
  4. Ken-ichi Yoshida, Azusa Sanbongi, Ayano Murakami, Hirokazu Suzuki, Shinji Takenaka, and Hideto Takami (2012) Three inositol dehydrogenases involved in utilization and interconversion of inositol stereoisomers in a thermophile Geobacillus kaustophilus HTA426. Microbiology 158, 1942-1952.

  5. Junichi Sugahara, Kosuke Fujishima, Takuro Nunoura, Yoshihiro Takaki, Hideto Takami, Ken Takai, Masaru Tomita, and Akio Kanai (2012) Genomic heterogeneity in a natural archaeal population suggests a model of tRNA gene disruption. PLoS ONE 7 (3): e32504

  6. Hideto Takami, Hideki Noguchi, Yoshihiro Takaki, Ikuo Uchiyama, Atsushi Toyoda, Shinro Nishi, Gab-Joo Chee, Wataru Arai, Takuro Nunoura, Takehiko Itoh, Masahira Hattori and Ken Takai (2012) A deeply branching thermophilic bacterium with an ancestral acetyl-CoA pathway dominates a subsurface ecosystem. PLoS ONE 7 (1): e30559, Recommended at Faculty of 1000 (http://f1000.com/13521960)

[著書]

  1. 髙見英人 (2012) 微生物機能学 (森田英俊編) 第1章　複合微生物の遺伝子利用、pp. 8-25　三共出版

  2. 髙見英人 (2012) 微生物機能学 (森田英俊編) 第2章　極限環境微生物の遺伝子利用、pp. 26-36 三共出版

[プレス発表]
  1. (マリアナ海溝世界最深部に生息する超深海性ヨコエビの特異な生態と新規セルラーゼの発見)
    1. 2012年8月16日　日本経済新聞夕刊
    2. 2012年8月16日　毎日新聞夕刊
    3. 2012年8月16日　東京新聞夕刊
    4. 2012年8月17日　夕刊フジ
    5. 2012年8月17日　日本農業新聞朝刊
    6. 2012年8月17日　電気新聞朝刊
    7. 2012年8月17日　化学工業日報朝刊
    8. 2012年8月18日　日経産業新聞朝刊
    9. 2012年8月18日　読売新聞朝刊
    10. 2012年8月27日　産經新聞朝刊
    11. 2012年8月27日　科学新聞
    テレビ：2012年8月16日　NHK「おはよう日本」
    ラジオ: 2012年8月16日　TBSラジオ「デイキャッチ」電話インタビュー
  2. (鉱山地下に最古の細菌，初期生命に近い好熱菌のゲノムを解析)
    1. 2012年1月18日　日本経済新聞 夕刊
    2. 2012年1月19日　神奈川新聞 朝刊
    3. 2012年1月19日　日刊工業新聞 朝刊
    4. 2012年1月19日　日経産業新聞 朝刊
    5. 2012年1月19日　南日本新聞 朝刊
    6. 2012年1月23日　化学工業日報
    テレビ：2012年1月18日　南日本放送「ニュース」電話インタビュー
[本・総説、その他]
  1. 小林英城 (2012) 深海エビの体内に紙を分解する酵素を発見！. 化学, 67 (10) 73

2011年

[原著論文]
  1.  Hidetoshi Morita, Akiyo Nakano, Hidehiro Toh, Kenshiro Oshima, Hideto Takami, Masaru Murakami, Tatsuya Takizawa, Tomomi Kuwahara, Soichi Tanabe and Masahira Hattori (2011) Bifidobacterium kashiwanohense sp. nov., isolated from healthy infant faeces. Int. J. System. Evol. Microbiol. 61, 2610-2615

  2. Sakai S., Takaki Y., Shimamura S., Sekine M., Tajima T., Kosugi H., Ichikawa N., Tasumi E., Hiraki AT., Shimizu A., Kato Y., Nishiko R., Mori K., Fujita N., Imachi H., and Takai K. (2011) Genome Sequence of a Mesophilic Hydrogenotrophic Methanogen Methanocella paludicola, the First Cultivated Representative of the Order Methanocellales. PLoS One 6(7): e22898.

  3. Kuwahara H, Takaki Y, Shimamura S, Yoshida T, Maeda T, Kunieda T, Maruyama T. (2011) Loss of genes for DNA recombination and repair in the reductive genome evolution of thioautotrophic symbionts of Calyptogena clams. BMC Evol Biol. 2011 Oct 3; 11(1): 285.

  4. Yohta Fukuda, Taro Tamada, Hideto Takami, Shinnichiro Suzuki, Tsuyoshi Inoue and Masaki Nojiri. (2011) Cloning, expression, purification, crystallization and preliminary X-ray crystallographic study of GK0767, the copper-containing nitrite reductase from Geobacillus kaustophilus. Acta Cryst. F. F67, 692-695
  5. Takuro Nunoura, Yoshihiro Takaki, Jungo Kakuta, Shinro Nishi, Junichi, Sugahara, Hiromi Kazama, Gab-Joo Chee, Masahira Hattori, Akio Kanai, Haruyuki Atomi, Ken Takai, Hideto Takami (2011) Insights into the evolution of Archaea and eukaryotic protein modifier systems revealed by the genome of a novel archaeal division. Nucleic Acids Res. 39, 3204-3223
  6. Gab-Joo Chee and Hideto Takami (2011) Alternative splicing by participation of the group II intron ORF in extremely halotolerant and alkaliphilic Oceanobacillus iheyensis. Microbes Environ 26,54-60
  7. Ruri Tanaka, Takao Kunisad, Nobuaki Kushida, Keiko Yamada, Motoyoshi Noike, Yuusuke Ono, Nobuya Itoh, Hideto Takami, Haruo Seto and Tohru Dairi (2011) Branched fatty acids inhibit the biosynthesis of menaquinone in Helicobacter pylori. J. Antibiotics 64, 151-153
[本・総説、その他]

  1. Hideto Takami (2011) Genomics and Evolution of alkaliphilic Bacillus-related species. Part 2. Extremophiles: Alkaliphiles, 2.9. Extremophiles Handbook (Horikoshi K., Antranikian, G., Bull, A, Robb, F., Stetter, K. eds) Springer, Tokyo, Dordrecht, Heidelberg, London, New York, pp-183-212

  2. 髙見英人 (2011) メタゲノム解析から極限環境を見る. –シンポジウム記録- 微生物ゲノムが拓く水産の新たな潮流　Nippon Suisan Gakkaishi, 77 (2) 248

  3. 髙見英人 (2011) 深海底 (海洋堆積物)のメタゲノム解析，生物の科学　遺伝，65, 60-65

2010年

[原著論文]
  1. Yuriko Nagano, Takahiko Nagahama, Yuji Hatada, Takuro Nunoura, Hideto Takami, Junichi Miyazaki, Ken Takai and Koki Horikoshi (2010) Fungal diversity in de ep-sea sediments – the presence of novel fungal groups. Fungal Ecol. 3, 316-325
  2. Yoshihiro Takaki, Shigeru Shimamura, Satoshi Nakagawa, Yasuo Fukuhara, Hiroshi Horikawa, Akiho Ankai, Takeshi Harada, Akira Hosoyama, Akio Oguchi, Shigehiro Fukui, Nobuyuki Fujita, Hideto Takami, and Ken Takai (2010) Bacterial lifestyle in a deep-sea hydrothermal vent chimney revealed by the genome sequence of the thermophilic bacterium Deferribacter desulfuricans SSM1. DNA Res. 17,123-137
[本・総説、その他]

  1. 髙見英人、高木善弘 (2010) メタゲノム解析技術の最前線　第3章 海洋・環境、メタゲノム解析から地下深部を探る　pp. 95-107　CMC出版

  2. 髙見英人 (2010) 現代生物科学入門 第10巻 極限環境生物学 (山岸明彦, 長沼毅, 髙見英人，馬場昭次, 山下雅道 著，黒岩常祥編) 第3章　深海環境生物圏 pp. 89-132 岩波書店
[特許]

  1. 名称　好熱性菌と類縁性の高い非好熱性菌のアミノ酸配列に基づいた非好熱性菌からの耐熱性蛋白質の予測方法
    特許第4616660号 [平成22年10月29日] 特許出願2005-32296 [平成17年2月8日]
    発明者　髙見英人，掘越弘毅，高木善弘，池甲珠，西真郎，島村繁，鈴木洋子，内山郁夫，李志軍
    出願人　海洋研究開発機構

  2. 名称　耐熱性蛋白質の予測プログラム，及びその記録媒体
    特許第4490302号 [平成22年4月9日] 特許出願2005-032297 [平成17年2月8日]
    発明者　髙見英人，内山郁夫，李志軍，掘越弘毅．

    出願人　海洋研究開発機構

  3. U.S. Patent Application.
    Patent No.: 7693664 (April 6, 2010)
    Application No.: 11/062833
    For: Method of predicting thermostable protein from methophilic bacteria based on amino acid composition of thermophilic bacteria and its closely related mesophilic bacteria, predicting program therefore and recoding medium thereof.
    Inventors: Hideto Takami, Koki Horikoshi, Yoshihiro Takaki, Gab-Joo Chee, Shinro Nishi, Shigeru Shimamura, Hiroko Suzuki, Ikuo Uchiyama, and Zhi Jun Li
    Filing or 371(c) date: February 23, 2005

2009年

[原著論文]
  1. Hidetoshi Morita, Akiyo Nakano, Mitsuharu Shimazu, Hidehiro Toh, Fumihiko Nakajima, Masahiro Nagayama, Shin Hisamatsu, Yukio Kato, Misako Takagi, Hideto Takami, Hiroaki Akita, Minoru Matsumoto, Toshio Masaoka and Masaru Murakami (2009) Lactobacillus hayakitensis, L. equigenerosi and L. equi, predominant lactobacilli in the intestinal flora of healthy Thoroughbreds. Animal Science J. 80, 339-346
  2. Silvia Montoro-Garcîa, Irene Martínez-Martínez, José Navarro-Fernández, Hideto Takami, Francisco García-Carmona, and Álvaro Sánchez-Ferrer (2009) Characterization of a novel thermostable carxyesterase from Geobacillus kaustophilus HTA426 shows the existence of a new carboxyesterase family. J. Bacteriol. 191, 3076-3085
  3. Maiko Harada, Takao Yoshida, Hirokazu Kuwahara, Shigeru Shimamura, Yoshihiro Takaki, Chiaki Kato, Tetsuya Miwa, Hiroshi Miyake and Tadashi Maruyama (2009) Expression of genes for sulfur oxidation in the intracellular chemoautotrophic symbiont of the deep-sea bivalve Calyptogena okutanii, Extremophiles, 13, 895-903.
[本・総説、その他]

  1. Satoshi Nakagawa and Yoshihiro Takaki (2009) Nonpathogenic Epsilonproteobacteria, Encyclopedia of Life Sciences, DOI: 10.1002/9780470015902.a0021895.

  2. 髙見英人(2009) マリンメタゲノムの有効利用 (松永是，竹山春子　監修) 第9章 極限環境微生物のゲノム解析からメタゲノム解析へ pp. 104-122, CMC出版

2008年

[原著論文]
  1. Hidetoshi Morita, Chiharu Shiratori, Masaru Murakami, Hideto Takami, Hidehiro Toh, Yukio Kato, Fumihiko Nakajima, Misako Takagi, Hiroaki Akita, Toshio Masaoka and Masahira Hattori (2008) Sharpea azabuensis gen. nov., sp. nov., a Gram-positive strict anaerobic bacterium isolated from the faeces of Thoroughbred horses. Int. J. System. Evol. Microbiol. 58, 2682-2686
  2. Irene Martínez-Martínez, José Navarro-Fernández, Francisco García-Carmona, Hideto Takami, and Álvaro Sánchez-Ferrer (2008) Characterization and structural modeling of a novel thermostable glycine oxidase from Geobacillus kaustophilus HTA426. Proteins-Structure, Function, and Bioinformatics 70, 1429-1441
  3. José Navarro-Fernández, Irene Martínez-Martínez, Silvia Montoro-García, Francisco García-Carmona, Hideto Takami and Álvaro Sánchez-Ferrer (2008) Characterization of a new Rhamnogalacturonan Acetyl Esterase from Bacillus halodurans C-1.326 with a new putative carbohydrate binding domain. J. Bacteriol. 190, 1375-1382
  4. Hirokazu Kuwahara, Yoshihiro Takaki, Takao Yoshida, Shigeru Shimamura1, Kiyotaka Takishita, James D. Reimer, Chiaki Kato and Tadashi Maruyama (2008) Reductive genome evolution in chemoautotrophic intracellular symbionts of deep-sea Calyptogena clams. Extremophiles 12, 365-74
  5. Toru Kobayashi, Kozue Mori, Shigeru Shimamura, Takae Matsuura, Takeshi Miura, Yoshihiro Takaki, Yuki Morono, Takuro Nunoura, Hiroyuki Imachi, Fumio Inagaki, Ken Takai, Koki Horikoshi (2008) Phylogenetic and enzymatic diversity of deep subseafloor aerobic microorganisms in organics- and methane-rich sediments off Shimokita Peninsula. Extremophiles 12, 519-27
[本・総説、その他]

  1. Hideto Takami (2008) Genomic diversity of Bacillus-related species. NOVA Science Publisher, New York, U.S.A.

  2. 髙見英人，デューグル・リンズィー，藤岡換太郎　監修 (クレール・ヌヴィアン著，伊部百合子訳) (2008) 深海 (原著Abyssの日本語版) 晋遊舎

  3. 布浦拓郎，髙見英人 (2008) 地下生命圏におけるメタゲノム解析．バイオインダストリー，11, 61-69

2007年

[原著論文]
  1. Ken Kurokawa, Takehiko Itoh, Tomomi Kuwahara, Kenshiro Oshima, Hidehiro Toh, Atsushi Toyoda, Hideto Takami, Hidetoshi Morita, Vineet K. Sharma, Tulika P. Srivastava, Todd D. Taylor, Hideki Noguchi, Hiroshi Mori, Yoshitoshi Ogura, Dusko E. Ehrilich, Kikuji Itoh, Toshihisa Takagi, Yoshiyuki Sakaki, Tetsuya Hayashi, Masahira Hattori (2007) Comparative metagenomics revealed commonly enriched gene sets in human gut microbiome. DNA Res 14, 169-181, Recommended at Faculty of 1000 (http://f1000.com/1097479#evaluations)
  2. Hidetoshi Morita, Tomomi Kuwahara, Kenshiro Ohshima, Hiroyuki Sasamoto, Kikuji Itoh, Masahira Hattori, Tetsuya Hayashi, and Hideto Takami (2007) An improved DNA isolation method for metagenomic analysis of the microbial flora of the human intestine. Microbes Environ. 22, 214-222
  3. Irene Martinez-Martinez, Jose Navarro-Fernandez, Francisco Garcia-Carmona, Hideto Takami, and Alvaro Sanchez-　Ferrer (2007) Characterization and structural modeling of a novel thermostable glycine oxidase from Geobacillus kaustophilus HTA426. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 70, 1429-1441
  4. Hidetoshi Morita, Chiharu Shiratori, Masaru Murakami, Hideto Takami, Yukio Kato, Akihiko Endo, Fumiko Nakajima, Hiroaki Akita, Sanae Okada and Toshio Masaoka (2007) Lactobacillus hayakitensis sp. nov., isolated from healthy Thoroughbred intestine. Int. J. System. Evol. Microbiol. Int. J. System. Evol. Microbiol. 57, 2836-2839
  5. Hideki Kobayashi, Yuichi Nogi and Koki Horikoshi (2007) New violet 3, 3’-bipyridyl pigment purified from deep-sea microorganism Shewanella violacea DSS12. Extremophiles 11, 245-250
  6. Satoshi Nakagawa, Yoshihiro Takaki, Shigeru Shimamura, et al. (2007) Deep-sea vent epsilon- proteobacterial genomes provide insights into emergence of pathogens. Proc Natl Acad Sci USA 104, 12146-12150
[本・総説、その他]

  1. 髙見英人 (2007) 環境機能ゲノミクス研究の基盤となるメタゲノム解析。化学と生物、vol. 45, No. 5, 298-307

  2. 髙見英人 (2007) バイオサイエンス (バイオサイエンス研究会 編) 第5章、3節、5項、トランスポゾン pp. 142-143、オーム社

  3. 髙見英人 (2007) バイオサイエンス (バイオサイエンス研究会 編) 第6章、2節、コラム (深海調査船) p.271、オーム社

  4. 髙見英人 (2007) バイオサイエンス (バイオサイエンス研究会 編) 第7章、網羅的解析法 pp. 275-286、 p. 289、オーム社

2006年

[本・総説、その他]

  1. Hideto Takami (2006) Genomic diversity of extremophilic Gram-positive endospore-forming Bacillus-related species. In: Trends in Genome Research (C. R. Williams ed.), NOVA Publisher, New York, U.S.A. pp. 25-85

  2.  髙見英人 (2006) メタは ”社会全体を知ること” 生育環境、培養条件と三位一体で、リーダーインタビュー、BTJジャーナル 9, 6-8
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