長期孔内観測システムは、半永久的に海底下に観測装置を設置する恒久型および一定期間後に孔内から観測装置引き上げ を可能とする交換型の2種類あります。恒久型の例としては南海トラフ地震発生帯掘削計画において設置された長期孔内観測装置(LTBMS: Long Term Borehole Monitoring System)があげられます。一方、交換型の例としては東北地方太平洋沖地震調査掘削(JFAST: Japan Trench Fast Drilling Project)があげられます。