光学顕微鏡では光を使うのに対し、電子顕微鏡では電子線を使って観察します。
光に比べ、電子の波長は非常に短いため、光学顕微鏡では見ることのできない微細な構造を鮮明に観察することができます。電子線は空気中では自由に動くことができないため、装置内の電子線の通路は真空に保たれています。また試料は真空中に置かれますので、水分を含む生物試料の場合、湿った状態での観察はできず、試料中の水分を除く操作が必要になります。水分を除く際に、試料が変形しないような処理を施すことも必要になります。この他にも試料の種類や目的等に応じて適切な処理をしなければなりません。


