高知コアセンターには4つの大きなコア冷蔵保管庫と、1つのコア冷凍保管庫があります。
コアを採取した海底下の環境は年間を通じてほぼ約2℃、酸素はほとんどありません。そのためコアを室温で保管すると、カビが生える、内容物が分解するなどして、状態が変化してしまいます。こうした点では、コアは野菜や肉と同じ「生もの」と言えます。

「生もの」であるコアを長期間、いつでも研究分析に使用でき、かつ再現性の高い分析結果を出せるようにするためは、鮮度を維持する必要があります。そのため深海底から採取したコアは冷蔵保管庫（約2〜4℃環境）、氷床から採取したコアは冷凍保管庫（マイナス約20℃環境）、さらに通常は消灯して暗闇にするなど、コアのコンディション維持に努めています。