1994年5月28月

横須賀港第4区で通算200回潜航達成（沈降試験）

1994年6月～11月

大西洋中央海嶺と東太平洋海膨にて調査潜航（MODE'94）を実施

1994年8月

TAGマウンドでの潜航調査を実施

1994年8月16日

第225潜航、TAGマウンドでヘルゼン氏の鉛直方向の熱水温度計測装置 通称「ジャイアントケルプ」の設置に成功（観察者：ウッズホール海洋研究所のリチャード・ヘルゼル氏）

1994年9月～11月

EPRでの潜航調査を実施

1994年10月4日

第240潜航、EPRでの潜航調査10回目で初めてブラックスモーカー発見

1994年11月15日

第254潜航、EPRでの潜航調査でユノハナガニの産卵場所を発見

1994年11月23日

第260潜航、EPRでの潜航調査で374℃のブラックスモーカー発見

1994年～1995年

水中投光器をハロゲンライトからメタルハライドライトに交換

3月に5回の試験潜航を実施した後、5月から12月にかけて日本の調査船としては初めて、MODE'94（Mid Ocean ridge Diving Expedition'94）と名付けられた大西洋、東太平洋での調査潜航を実施した。当初予定された大西洋で30回、東太平洋で30回の合計60回の潜航全てを実施することができた。大西洋中央海嶺WMARK海域での潜航を終え、米国マサチューセッツ州ケープコッドのウッズホール海洋研究所に寄港した「しんかい6500」と支援母船「よこすか」は盛大な歓迎を受けた。また、当時のニューヨークタイムスの一面にその快挙が報道された。続く東太平洋では、海底の拡大速度が最も速いとされる東太平洋海膨（EPR: East Pacific Rise）での潜航では数個所の熱水噴出域を新たに発見した。1994年は、日本の「しんかい6500」が晴れて世界にデビューを果たした年となった。

1994年の運航チーム

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