「しんかい2000」は、その卓越した潜航能力、軽快な運動性能により次のような一般的ミッションを遂行できます。
1）水深2,000mまでのあらゆる深さで調査観測作業ができます。
2）１名の研究者が同乗し、「しんかい2000」の内外部の種々の固定装備機器、器具及びペイロードを使用します。
3）潜航時間（潜航開始から浮上まで）は約６時間を標準とします。
4）海底の起伏の緩やかな地形では、海底面に沿って航走し目視観察及び写真・ビデオの撮影を行うことができます。
5）傾斜地では深い方から浅い方への航走を標準とします。
6）サンプルの採取、観測機器の設置は、海底に着底した状態で行います。
