Ｋ２点／Ｓ１点観測データサイト

本データセットのCTDファイルは、Excel形式で保存され、以下のフォーマットに統一されている。

(ファイルネーム)
ファイルネームは、以下の定義に従って付けられている。
観測ID_日付_時刻_測点.csv
観測ID ：PB****　PBはPOPPSBuoyの略で、****は設置年月(西暦下２桁＋月２桁)
日付　：観測日　西暦４桁　月２桁　日２桁
時刻　：観測開始時刻(現地時間)　時２桁　分２桁
測点　：観測点の名称　２桁
(例)　　：PB1001_20100203_1200_K2.xlsx

(ファイルフォーマット)
項目はカラム順に以下のとおり。
カラムの内容：
A： 観測年月日 yyyy/mm/dd
B： 測定時刻 hh:mm:ss (注意: ファイルネームの時刻と異なる場合は、timeは日本時間(現地時間－1時間))
C： 伝導度
D： 水温 ℃
E： 水深 m
F： 塩分　
G： 酸素飽和度(Oxygen optode)%

本データセットのFRRFファイルは、Excel形式で保存され、以下のフォーマットに統一されている。

(ファイルネーム)
ファイルネームは、以下の定義に従って付けられている。
FRRF_観測ID_測点_日付時刻.xlsx
観測ID：航海による観測　航海番号(MR****等)
　　　　ブイによる観測　PB****　PBはPOPPSBuoyの略で、****は設置年月(西暦下２桁＋月２桁)
測点　：観測点の名称
日時　：観測日および観測開始時刻(現地時間)　月２桁　日２桁　時２桁　分２桁
(例)　　：　FRRF_MR10-06_K2_10260455.xlsx or FRRF_PB1001_S1_02031200.xlsx

(ファイルフォーマット)
ファイルは３ページのSheet(Raw、Selected、Figure)で構成される。

・Sheet 『Raw』
測定データをcalc2.exe(紀本製FRRFの専用解析ソフト)で解析し、各パラメータを求めた。

・Sheet 『Selected』
『Raw』Sheetからデータを抜き出し、Excelの機能を用いて基礎生産力の計算を行った。

(ヘッダ部について)
カラムと内容
A1-B5： 観測日時(UTC)、観測地点
A7-C9： Data quality control　R2の下限とτの上下限（ここで定めた値から外れるデータには、エラーコード-999.0が与えられる）
V6-V10：FRRFの測定値（FmD）からクロロフィルa濃度への変換係数
AA5-AG9：基礎生産力の計算式・パラメータ

ヘッダ表示と内容
Time: hh:mm:ss
Depth: Meter (m)
PAR: Photosynthetic active radiation (μmolquanta m^-2 s^-1)
FOL: Minimum fluorescence yield under actinic light
FmL: Maximum fluorescence yield under actinic light
R2L: Correlation coefficient under actinic light measurement
SigL: Effective absorption cross section of PSII under actinic light (Ų quanta^–1)
pL: Connectivity between PSII reaction centers under actinic light
TauL: Turnover time for oxidation of Qa^- under actinic light (μs)
FOD: Minimum fluorescence yield in darkness
FmD: Maximum fluorescence yield in darkness
R2D: Correlation coefficient in darkness measurement
SigD: Effective absorption cross section of PSII in darkness (Ų quanta^–1)
pD: Connectivity between PSII reaction centers in darkness
TauD: Turnover time for oxidation of Qa^- in darkness (μs)
FvL: Variable fluorescence under actinic light (FmL-FmO)
FvL/FmL: Photochemical efficiency under actinic light
FvD: Variable fluorescence in darkness (FmD-FmD)
FvD/FmD: Maximum photochemical efficiency
Chl-a(FmD): Chlorophyll a concentration estimated from FmD (mg m^-3)
PAR: Photosynthetic active radiation (quanta m^-2 s^-1)
σpsii: Effective absorption cross section of PSII under actinic light (m² quanta^–1)
τqa: Turnover time for oxidation of Qa^- under actinic light (s)
C(E): Fraction of reaction centers closed
F': Fluorescence yield under actinic light
Qp: Photochemical quenching coefficient under actinic light
1/τp: Rate of electron transfer from PSII to PSI (s^-1)
Φe: Quantum yield of electron transport for O₂ evolution in PSII (O₂ quanta^-1)
PbO: Rate of O₂ evolution (O₂ Chla^-1 s^-1)
PbC: Rate of carbon fixation (mgC mgChla^-1 h^-1)

(データ部について)
カラムPまでのSheet『Raw』からの参照値と、カラムR以降の計算値に分かれる。また、データが存在しない場合やquality controlにより除いたデータは、そのカラムにエラーコード-999.0が入る。

・基礎生産力の計算式 (Kolber and Falkowski (1993) Limnology and Oceanography 38: 1646-1665参照)

Rate of O₂ evolution (PbO)は以下のように与えられる。
PbO = PAR・σpsii・ Qp・Φe・nPSII・(FvD/FmD/0.65)

ここで、
Qp = (FmD-F')/(FmD-FOD)
F' = FOD+(FmD-FOD)・C(E)
C(E) = PAR・σpsii /(PAR・σpsii+1/TauL)

Φe は、
PAR・σpsii・Qp　≦　1/τp の時、Φe = 0.250
PAR・σpsii・Qp　＞　1/τp の時、Φe = 0.250/(PAR・σpsii・Qp・τp)

ここで、
τp　= 1/(Ek・σpsii)
Ek　= 1.20×10²⁰　[quanta m^-2 s^-1] (Ek: Light saturation constant of P-E response curve)
nPSII = 0.002 [molRCII molChla^–1] (nPSII: Photosynthetic unit size of PSII)

Rate of carbon fixation (PbC)は、
PbC　= 3600・(PbO/R)・(MC/MChla)

ここで、R: Ratio of evolved O₂ to fixed CO₂ (= 1 molO₂ molC^–1)、 MC: Atomic weight of carbon (= 12.01)、MChla: Molecular weight of chlorophyll a (= 893.5)

・Sheet 『Figure』
Sheet 『Selected』の値を参照し、Excelの機能を用いて各パラメータのプロファイル図を描いた。
PAR (μmolquanta m^-2 s^-1)、PbC (mgC mgChla^-1 h^-1)、chl-a (mg m^-3)、R²、Fv/Fm、σpsii (Ų quanta^–1)、τ (μs)、Qp
図内に、２本線のあるものは、赤い方がLight chamberの値、青い方がDark chamberの値を示す。