清水 啓介

プロフィール

keisuke Shimizu

海洋生態系研究グループ
副主任研究員

連絡先

国立研究開発法人 海洋研究開発機構 地球表層システム研究センター
〒237-0061 神奈川県横須賀市夏島町2-15 海洋研究棟2階206
TEL:046-867-9445

研究テーマ

  • 海洋酸性化に対する殻形成への影響に関する研究
  • バイオミネラリゼーションの分子メカニズムに関する研究
  • 動物プランクトンの分子系統地理に関する研究

学歴

2008年3月 信州大学 理学部 生物科学科 卒業
2011年3月 筑波大学 大学院教育研究科 教科教育専攻 修了(修士(教育学))
2014年3月 東京大学 大学院理学系研究科 地球惑星科学専攻 後期博士課程修了(博士(理学))

職歴

2014年4月〜 東京大学 大学院理学系研究科 地球惑星科学専攻 特任研究員
2014年6月〜 京都大学 大学院理学研究科 生物科学専攻 特定研究員
2015年4月〜 海洋研究開発機構 生命理工学研究開発センター ポストドクトラル研究員 (Young Research Fellow)
2017年12月〜 日本学術振興会 海外特別研究員(University of Exeter、イギリス)
2019年12月〜 東京大学 大学院農学生命科学研究科 応用生命化学専攻  特任研究員
2021年7月〜 東京大学 大学院農学生命科学研究科 応用生命化学専攻  特任助教
2023年4月〜 早稲田大学 教育・総合科学学術院 嘱託職員
2024年4月〜 海洋研究開発機構 地球表層システム研究センター 海洋生態系研究グループ 副主任研究員

受賞歴

2012年3月 Excellent Poster Award (5th EAFES International Congress)
2012年6月 優秀ポスター賞 (日本古生物学会 第161回大会)
2012年8月 優秀ポスター賞 (日本進化学会 第14回大会)
2013年5月 学生優秀発表賞 (地球惑星科学連合大会 2013年会)
2013年8月 若手口頭発表賞 (日本進化学会 第15回大会)
2015年6月 優秀ポスター賞 (東京大学生命科学シンポジウム)

教育歴

2016年度(秋学期) 非常勤講師 東京大学理学部地球惑星環境科学科 「生物多様性科学および実習」
2017年度(秋学期) 非常勤講師 東京大学理学部地球惑星環境科学科 「生物多様性科学および実習」
2020年度(秋学期) 非常勤講師 ヤマザキ動物看護大学 「環境科学」
2021年度(秋学期) 非常勤講師 ヤマザキ動物看護大学 「環境科学」
2022年度(春学期) 兼任講師 立教大学 「生命の歩み」
2022年度(秋学期) 兼任講師 立教大学 「生命の歩み」
2022年度(秋学期) 非常勤講師 早稲田大学「地学通論実験II」

論文リスト(査読有)

  • 1) Shimizu K, Sarashina I, Kagi H, Endo K (2011) Possible functions of Dpp in gastropod shell formation and shell coiling. Development Genes and Evolution 221: 59–68. DOI: 10.1007/s00427-011-0358-4.
  • 2) Setiamarga DHE & Shimizu K, Kuroda J, Inamura K, Sato K, et al. (2013) An in-silico survey for genes coding for early development signaling molecules in the pearl oyster Pinctada fucata. Zoological Science 30: 877-888. DOI: 10.2108/zsj.30.877.
  • 3) Shimizu K, Iijima M, Setiamarga DHE, Sarashina I, Kudoh T, Asami T, Gittenberger E, Endo K (2013) Left-right asymmetric expression of dpp in the mantle of gastropod correlate to the asymmetric shell coiling. EvoDevo 4: 15. DOI:10.1186/2041-9139-4-15.
  • 4) Shimizu K, Endo K (2015) Evo-Devo of spiral shell growth in gastropods. Proceeding of the 3rd International Symposium on Biological Shape Analysis pp. 130-137. DOI:10.1142/9789814704199_0009.
  • 5) Noshita K, Shimizu K, Sasaki T (2016) Geometric analysis and estimation of the growth rate gradient on gastropod shells. Journal of Theoretical Biology 389: 1–19. DOI:10.1016/j.jtbi.2015.10.011.
  • 6) Shimizu K, Luo Y-J, Satoh N, Endo K (2017) Possible co-option of engrailed during brachiopod and mollusc shell development. Biology Letters 13: 20170254. DOI:10.1098/rsbl.2017.0254.
  • 7) Shimizu K, Kimoto K, Noshita K, Wakita M, Fujiki T, Sasaki T (2018) Phylogeography of the pelagic snail Limacina helicina (Gastropoda: Thecosomata) in the subarctic western North Pacific. Journal of Molluscan Studies 84: 30-37. DOI:10.1093/mollus/eyx040.
  • 8) Shimizu K, Kimura K, Isowa Y, Oshima K, Ishikawa M, Kagi H, Kito K, Hattori M, Chiba S, Endo K (2019) Insights into the evolution of shell and love dart of land snail revealed from their matrix proteins. Genome Biology and Evolution 11: 380-397. DOI:10.1093/gbe/evy242.
  • 9) Ishikawa A, Shimizu K, Isowa Y, Takeuchi T, Zhao R, Kito K, Fujie M, Satoh N, Endo K (2020) Asymmetric shell morphology of snails allows identification of potentially operational shell matrix proteins. Scientific Reports 10: 9768. DOI:10.1038/s41598-020-66021-w.
  • 10) Iwamoto S & Shimizu K, Negishi L, Suzuki N, Nagata K, Suzuki M (2020) Characterization of the chalky layer-derived EGF-like domain-containing protein (CgELC) in the pacific oyster, Crassostrea gigas. Journal of Structural Biology 212: 107594. DOI: 10.1016/j.jsb.2020.107594.
  • 11) Shimizu K, Kintsu H, Awaji M, Matumoto T, Suzuki M (2020) Evolution of biomineralization genes in the prismatic layer of the pen shell Atrina pectinata. Journal of Molecular Evolution 88: 742–758. DOI:10.1007/s00239-020-09977-7.
  • 12) Shimizu K, Noshita K, Kimoto K, Sasaki T (2021) Phylogeography and shell morphology of the pelagic snail Limacina helicina in the Okhotsk Sea and western North Pacific. Marine Biodiversity 51: 22. DOI:10.1007/s12526-021-01166-z.
  • 13) Setiamarga DHE, Hirota K, Yoshida M, Takeda Y, Kito K, Shimizu K, Isowa Y, Ikeo K, Sasaki T, Endo K (2021) Hydrophilic shell matrix proteins of Nautilus pompilius and the identification of a core set of Conchiferan domains. Genes 12(12), 1925. DOI:10.1101/2020.11.14.382804
  • 14) Sentoku A, Shimizu K, Naka T, Tokuda Y (2022) Dimorphic life cycle through transverse division in burrowing hard coral Deltocyathoides orientalis. Scientific Reports 12: 9359. DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-022-13347-2
  • 15) Shimizu K, Takeuchi T, Negishi L, Kurumizaka H, Kuriyama I, Endo K, Suzuki M (2022) Evolution of Epidermal Growth Factor (EGF)-like and zona pellucida domains containing shell matrix proteins in Mollusks. Molecular Biology and Evolution 39: msac148. DOI:10.1093/molbev/msac148
  • 16) Shimizu K, Negishi L, Ito T, Touma S, Matsumoto T, Awaji M, Kurumizaka H, Yoshitake K, Kinoshita S, Asakawa S, Suzuki M (2022) Evolution of nacre- and prisms-related shell matrix proteins in the pen shell, Atrina pectinata. Comparative Biochemistry and Physiology PartD: Genomics and Proteomics 44:101025. DOI:10.1016/j.cbd.2022.101025
  • 17) Zhu L, Shimizu K, Kintsu H, Negishi L, Zheng Z, et al. (2023) Structural and functional analyses of chitinolytic enzymes in the nacreous layer of Pinctada fucata. Biochemical Engineering Journal 191: 108780. DOI:10.1016/j.bej.2022.108780
  • 18) Shimizu K, Negishi L, Kurumizaka H, Suzuki M (accept) Diversification of von Willebrand factor A and chitin-binding domains in Pif/BMSPs among mollusks. Journal of Molecular Evolution.

競争的資金

  • 2015年9月~2017年3月
    「貝殻形成メカニズムから探る酸性化影響の実態と環境適応の可能性」 科研費・研究活動スタート支援(代表)
  • 2017年12月~2019年11月
    「海洋汚染物質による貝殻形成阻害の分子メカニズムの解明」 特別研究員奨励費(海外特別研究員)(代表)
  • 2016年4月~2019年3月
    「有殻翼足類の高精度観測:海洋酸性化に対する応答」 科研費・基盤研究B(分担) ※2018年度より連携
  • 2016年4月~2019年3月
    「貝殻らせん成長メカニズムの解明:進化発生古生物学創生に向けて」科研費・基盤研究B(分担) ※2018年度より連携
  • 2019年4月~2023年3月
    「季節海氷域における海洋酸性化と石灰質生物の応答メカニズムの解明」科研費・基盤研究B(分担)
  • 2020年4月~2021年2月
    「異所的に発現する貝殻基質タンパク質による巻貝の幼殻形成制御機構の解明」 公益財団法人日本科学協会 笹川科学研究助成(代表)
  • 2021年4月~2022年3月
    「海洋酸性化による巻貝幼生の貝殻形成への影響評価に関する研究」 金沢大学環日本海域環境研究センター共同研究費(代表)
  • 2022年4月~2023年3月
    「海洋酸性化による巻貝幼生の貝殻形成への影響評価に関する研究(継続)」 金沢大学環日本海域環境研究センター共同研究費(代表)
  • 2022年8月〜2023年7月
    「腕足動物におけるキチンを介した貝殻形成の分子機構」 公益社団法人日本動物学会 茗原眞路子研究奨励助成(代表)
  • 2023年4月~2027年3月
    「海洋酸性化によるホタテガイ幼生への影響評価と将来予測」科研費・基盤研究B(分担)

個人HP