学歴
- 2017年
- 博士（理学） 京都大学
- 2016年
- 京都大学大学院理学研究科 生物科学専攻 博士課程研究指導認定退学
- 2010年
- 京都大学大学院理学研究科 生物科学専攻 修士課程卒業
- 2006年
- 京都大学薬学部 総合薬学科 卒業
職歴
- 2020年～現在
- 海洋研究開発機構 生命理工学センター 深海バイオリソース研究グループ 特任研究員
- 2018年～2022年
- 東京大学 大気海洋研究所 特任研究員
- 2017年～2018年
- 東京工業大学 生命理工学院 研究員
- 2016年～2017年
- 京都大学 農学研究科 特定研究員
主な受賞歴
- 研究奨励賞 （生命医薬情報学連合大会 2015年大会）
主要な論文
- Masumi Hasegawa, Toshiaki Hosaka, Keiichi Kojima, Yosuke Nishimura, Yu Nakajima, Tomomi Kimura-Someya, Mikako Shirouzu, Yuki Sudo, Susumu Yoshizawa. 2020. "A unique clade of light-driven proton-pumping rhodopsins evolved in the cyanobacterial lineage." Scientific Reports 10(1):1-10.
- Kento Tominaga, Daichi Morimoto, Yosuke Nishimura, Hiroyuki Ogata, Takashi Yoshida. 2020. "In silico Prediction of Virus-Host Interactions for Marine Bacteroidetes With the Use of Metagenome-Assembled Genomes." Frontiers in microbiology 11:738.
- Yusuke Okazaki, Yosuke Nishimura, Takashi Yoshida, Hiroyuki Ogata, Shin‐ichi Nakano. 2019. "Genome‐resolved viral and cellular metagenomes revealed potential key virus‐host interactions in a deep freshwater lake." Environmental Microbiology 21(12):4740-4754.
- Daichi Morimoto, Kento Tominaga, Yosuke Nishimura, Naohiro Yoshida, Shigeko Kimura, Yoshihiko Sako, and Takashi Yoshida. 2019. "Co-Occurrence of Broad and Narrow Host-Range Viruses Infecting the Toxic Bloom-Forming Cyanobacterium Microcystis Aeruginosa." Applied and Environmental Microbiology 85(18):e01170-19.
- Atsushi Shibukawa, Keiichi Kojima, Yu Nakajima, Yosuke Nishimura, Susumu Yoshizawa, and Yuki Sudo. 2019. "Photochemical Characterization of a New Heliorhodopsin from the Gram-Negative Eubacterium Bellilinea Caldifistulae (BcHeR) and Comparison with Heliorhodopsin-48C12." Biochemistry 58(26):2961-2952.
- *Takashi Yoshida, *Yosuke Nishimura, Hiroyasu Watai, Nana Haruki, Daichi Morimoto, Hiroto Kaneko, Takashi Honda, Keigo Yamamoto, Pascal Hingamp, Yoshihiko Sako, Susumu Goto, and Hiroyuki Ogata. 2018. "Locality and Diel Cycling of Viral Production Revealed by a 24 h Time Course Cross-Omics Analysis in a Coastal Region of Japan." The ISME Journal 12(5):1287–95. (*は共に筆頭著者)
- Yosuke Nishimura, Takashi Yoshida, Megumi Kuronishi, Hideya Uehara, Hiroyuki Ogata, and Susumu Goto. 2017. "ViPTree: The Viral Proteomic Tree Server." Bioinformatics 33(15):2379–80.
- Yosuke Nishimura, Hiroyasu Watai, Takashi Honda, Tomoko Mihara, Kimiho Omae, Simon Roux, Romain Blanc-Mathieu, Keigo Yamamoto, Pascal Hingamp, Yoshihiko Sako, Matthew B. Sullivan, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata, and Takashi Yoshida. 2017. "Environmental Viral Genomes Shed New Light on Virus-Host Interactions in the Ocean." mSphere 2(2):e00359-16.
- Anjana Bhunchoth, Romain Blanc-Mathieu, Tomoko Mihara, Yosuke Nishimura, Ahmed Askora, Namthip Phironrit, Chalida Leksomboon, Orawan Chatchawankanphanich, Takeru Kawasaki, Miyako Nakano, Makoto Fujie, Hiroyuki Ogata, and Takashi Yamada. 2016. "Two Asian Jumbo Phages, ΦRSL2 and ΦRSF1, Infect Ralstonia Solanacearum and Show Common Features of ΦKZ-Related Phages." Virology 494:56–66.
- Tomoko Mihara, Yosuke Nishimura, Yugo Shimizu, Hiroki Nishiyama, Genki Yoshikawa, Hideya Uehara, Pascal Hingamp, Susumu Goto, and Hiroyuki Ogata. 2016. "Linking Virus Genomes with Host Taxonomy." Viruses 8(3):66.
- *Masaaki Kotera, *Yosuke Nishimura, Zen-ichi Nakagawa, Ai Muto, Yuki Moriya, Shinobu Okamoto, Shuichi Kawashima, Toshiaki Katayama, Toshiaki Tokimatsu, Minoru Kanehisa, and Susumu Goto. 2014. "PIERO Ontology for Analysis of Biochemical Transformations: Effective Implementation of Reaction Information in the IUBMB Enzyme List." Journal of Bioinformatics and Computational Biology 12(6):1442001. (*は共に筆頭著者)
- Masataka Takarabe, Masaaki Kotera, Yosuke Nishimura, Susumu Goto, and Yoshihiro Yamanishi. 2012. "Drug Target Prediction Using Adverse Event Report Systems: A Pharmacogenomic Approach." Bioinformatics 28(18):i611–18.
- Yosuke Nishimura, Toshiaki Tokimatsu, Masaaki Kotera, Susumu Goto, and Minoru Kanehisa. 2010. "Genome-wide Analysis of Plant UGT Family Based on Sequence and Substrate Information." Genome Informatics 2010:127–38.
主な招待講演
- オープン・ビッグデータ✕メタゲノム解析 ―5万ゲノムの海洋微生物カタログ―、西村陽介、吉澤 晋、第21回マリンバイオテクノロジー学会、2021年5月15日
- A multi-omics approach to elucidate marine virus ecology, Yosuke Nishimura, RinkaiHackathon 2018 Symposium, 2018年6月10日
- 環境ゲノムに基づく海洋ウイルス研究の新展開、西村陽介、東京大学医科学研究所共同研究拠点事業 平成29年度 若手シンポジウム、2017年11月13日