10月
認可法人「海洋科学技術センター」設立
5月
学術研究船「白鳳丸」竣工
4月
深海潜水調査船支援母船「よこすか」竣工
「しんかい6500」システム完成
10月
「むつ研究所」開設
3月
深海調査研究船「かいれい」竣工
10月
海洋地球研究船「みらい」竣工
11月
「国際海洋環境情報センター（GODAC）」開設
4月
「地球シミュレータ」世界最高の演算性能を達成
8月
「横浜研究所」開設
4月
独立行政法人海洋研究開発機構設立
7月
地球深部探査船「ちきゅう」竣工
10月
「高知コア研究所」を開設
4月
第2期中期計画開始
8月
地震・津波観測監視システム（DONET1）本格運用開始
3月
自律型無人探査機「ゆめいるか」「おとひめ」「じんべい」完成、「しんかい6500」改造工事
10月
JAMSTEC長期ビジョン策定
6月
東北海洋生態系調査研究船「新青丸」竣工
4月
第3期中期計画開始
4月
国立研究開発法人へ移行
3月
海底広域研究船「かいめい」竣工
地震・津波観測監視システム（DONET２）整備完了（同年4月に国立研究開発法人防災科学技術研究所へ移管）
4月
深海デブリデータベース公開
9月
深海バイオ・オープンイノベーションプラットフォーム新設
10月
「しんかい6500」ワンマンパイロット潜航実施
4月
第4期中長期計画開始
10月
JAMSTEC創立50周年