YAMADA YOSUKE

Institute for Extra-cutting-edge Science and Technology Avant-garde Research (X-star) Kochi Institute for Core Sample Research (KOCHI) Geomaterials Science Research Group-
Advanced Institute for Marine Ecosystem Change Research Division Marine Microbial Ecology Research Unit-

  • Resercher

Researcher Information

Research Interests

  • 生物地球化学
  • 微生物生態学
  • 海洋学

Research Areas

  • Environmental science/Agricultural science, Environmental dynamics
  • Life sciences, Ecology and environmental science

Research History

  • Oct. 2025 - Present
    Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology, Institute for Extra-cutting-edge Science and Technology Avant-garde Research (X-star), Researcher
  • Apr. 2024 - Present
    WPI-AIMEC, Marine Microbial Ecology Research Unit
  • Apr. 2022 - Sep. 2025
    Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology, Institute for Extra-cutting-edge Science and Technology Avant-garde Research (X-star), Researcher (Ⅱ)
  • Sep. 2019 - Mar. 2022
    Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Marine Biophysics Unit, Postdoctoral scholar
  • Apr. 2017 - Aug. 2019
    University of California, San Diego, Scripps Institution of Oceanography, Postdoctoral scholar
  • Apr. 2016 - Mar. 2017
    The University of Tokyo, Atmosphere and Ocean Research Institute, Research Fellow
  • Apr. 2015 - Mar. 2016
    The University of Tokyo, Atmosphere and Ocean Research Institute, Research Fellow

Education

  • Apr. 2012 - Mar. 2015, The University of Tokyo, Graduate School of Science, Department of Biological Sciences
  • Apr. 2010 - Mar. 2012, The University of Tokyo, Graduate School of Science, Department of Biological Sciences
  • Apr. 2006 - Mar. 2010, Waseda University, School of Education, Department of Science
Research activity information

Papers

Presentations

  • Yosuke Yamada; Yuki Morono; Motoo Ito
    Bacterial uptake efficiency of carbon and nitrogen from nanoparticles in seawater　　　　　　　　　　　　　　　
    Ocean Science Meeting 2026, 27 Feb. 2026
  • Yosuke Yamada
    Exploring surface characteristics of individual marine bacteria and their influence on biogeochemical processes　　　　　　　　　　　　　　　
    OIST x WPI-AIMEC (Tohoku U & JAMSTEC) Joint Workshop, 21 Nov. 2025
  • Yosuke Yamada
    Single-cell analysis of marine bacterial surface properties and their potential impact on biogeochemical cycles　　　　　　　　　　　　　　　
    PICES-2025 Annual Meeting, 12 Nov. 2025
  • 山田洋輔; 諸野祐樹; 伊藤元雄
    海洋ナノ粒子由来炭素･窒素の細菌利用効率の推定　　　　　　　　　　　　　　　
    日本海洋学会2025年度秋季大会, 22 Sep. 2025
  • 星野辰彦; 山田洋輔; 長野由梨子; 菊池早希子; 稲垣史生
    海洋一粒子の微生物叢･機能･成分の統合分析　　　　　　　　　　　　　　　
    日本海洋学会2025年度秋季大会, 22 Sep. 2025
  • Yosuke Yamada
    The ratio of protein to carbohydrate in the extracellular polymeric substances of marine diatoms　　　　　　　　　　　　　　　
    FEMS MICRO 2025, 15 Jul. 2025
  • Yosuke Yamada
    Nanoscale Characterization of Marine Bacteria and Particles　　　　　　　　　　　　　　　
    AIMEC workshop in SIO: Ocean environmental change and its impact on ecosystems, 23 Jun. 2025
  • Yosuke Yamada
    The Protein/Carbohydrate Ratio of Extracellular Polymers Released by Diatoms　　　　　　　　　　　　　　　
    ASM Microbe 2025, 22 Jun. 2025
  • 山田洋輔
    Temporal changes in the composition of extracellular polymeric substances of diatoms and their potential link to cell lysis　　　　　　　　　　　　　　　
    日本地球惑星科学連合2025年大会, 27 May 2025
  • 星野 辰彦; 山田 洋輔; 高橋 亮; 稲垣 史生
    海洋沈降粒子一粒子分析スキームの構築　　　　　　　　　　　　　　　
    日本地球惑星科学連合2025年大会, 27 May 2025
  • 星野辰彦; 山田洋輔; 長野由梨子; 稲垣史生
    海洋粒子の微生物群集組成と代謝機能ポテンシャルの一粒子レベル解析　　　　　　　　　　　　　　　
    第25回マリンバイオテクノロジー学会大会, 25 May 2025
  • 山田洋輔
    海洋細菌の物質循環との関わり　　　　　　　　　　　　　　　
    大隅基礎科学創成財団主催シンポジウム 微生物ラボ・ハブ in 中四国, 16 May 2025
  • Yosuke Yamada, Toshiaki Mochizuki, Nirav Patel, Farooq Azam, Satoshi Mitarai
    Variation in Surface Properties of Individual Bacterial Cells that Influences Viral Attachment　　　　　　　　　　　　　　　
    ASLO2025 Aquatic Science Meeting, 29 Mar. 2025
  • 山田洋輔
    原子間力顕微鏡による海洋微粒子の機械的特性測定　　　　　　　　　　　　　　　
    名古屋大学宇宙地球環境研究所・共同利用研究集会 CO2除去に関わる海の生物炭素ポンプ研究の現状と将来展望, 14 Mar. 2025, [Invited]
  • Yosuke Yamada
    Applications of atomic force microscopy (AFM) to marine biogeochemistry　　　　　　　　　　　　　　　
    Workshop for Collaborative Research of AIMEC, 05 Mar. 2025
  • 山田洋輔
    原子間力顕微鏡の海洋生物化学への応用　　　　　　　　　　　　　　　
    2024年度日本顕微鏡学会SPM研究会, 09 Jan. 2025, [Invited]
  • Yosuke Yamada; Toshiaki Mochizuki; Hideki Fukuda; Toshi Nagata; Satoshi Mitarai
    Mechanical properties of marine particles: Insights from atomic force microscopy　　　　　　　　　　　　　　　
    AGU24, 13 Dec. 2024
  • 山田洋輔
    海洋物質循環メカニズム解明のための細菌表面の粗さ解析　　　　　　　　　　　　　　　
    AFMから見えるバクテリアの世界～その観察手法と展望 ウェビナー, 28 Nov. 2024, [Invited]
  • 山田洋輔
    海洋細菌の表面性状と炭素源獲得機構の解明　　　　　　　　　　　　　　　
    日本微生物生態学会 第37回大会 JST 創発的研究支援事業「自発的融合の場」：微生物研究を基盤とした創発 的ネットワーキング, 28 Oct. 2024, [Invited]
  • 山田 洋輔; Angela Ares; Margaret Mars Brisbin; 御手洗 哲司
    海洋細菌の表面粗さを制御する環境・生物要因の解明　　　　　　　　　　　　　　　
    日本海洋学会2024年度秋季大会, 19 Sep. 2024
  • Yosuke Yamada; Angela Ares; Margaret Mars Brisbin; Satoshi Mitarai
    Environmental factors and bacterial community composition shaping bacterial surface roughness in coastal waters: Nanoparticle utilization perspective　　　　　　　　　　　　　　　
    19th International Symposium on Microbial Ecology (ISME19), 22 Aug. 2024
  • 山田洋輔
    過去を知るために現在を知る： 海洋における粒子生成・沈降と微生物との関わり　　　　　　　　　　　　　　　
    日本古生物学会 2024 年年会・総会 夜間小集会, 22 Jun. 2024, [Invited]
  • Vázquez-Arias, Antón; Rodríguez-Prieto, Conxi; Yamada, Yosuke; Fernández, J. Ángel; Ito, Motoo; Aboal, Jesús R
    EXPLORING THE SUBCELLULAR DISTRIBUTIONS AND UPTAKE MECHANISMS OF CHEMICAL ELEMENTS IN SEAWEED USING NANOSCALE SECONDARY ION MASS SPECTROMETRY (NANOSIMS)　　　　　　　　　　　　　　　
    8th Congress of the International Society for Applied Phycology (ISAP2024), 18 Jun. 2024
  • 山田洋輔
    Measurement of bacterial surface properties by atomic force microscopy (AFM) and investigating of the mechanism of marine material cycles　　　　　　　　　　　　　　　
    WPI-AIMEC 浅⾍ワークショップ2024, 17 Jun. 2024
  • Heng Wu; Kota Ishikawa; Yosuke Yamada; Akinori Murata; Satoshi Mitarai
    Effects of Flows on the Transparent Exopolymer Particle Distribution in a Fringing Coral Reef: Field Observations　　　　　　　　　　　　　　　
    Japan Geoscience Union Meeting 2024, 29 May 2024
  • Heng Wu; Kota Ishikawa; Yosuke Yamada; Akinori Murata; Satoshi Mitarai
    Effects of Flows on the Transparent Exopolymer Particle Concentration in a Fringing Coral Reef: Field Observations　　　　　　　　　　　　　　　
    AGU23, 11 Dec. 2023
  • 山田 洋輔; 望月 俊昭; 星野 辰彦; Nirav Patel; Farooq Azam; 福田 秀樹; 御手洗 哲司
    溶存態有機物濃度による海洋細菌の表面性状変化とナノ粒子付着の関係解明　　　　　　　　　　　　　　　
    日本海洋学会 2023年度秋季大会, 25 Sep. 2023
  • 海老原諒子; 福田秀樹; 山田洋輔; 横川太一; 永田俊
    海洋沈降粒子に発達する細菌群集の異なる生活史戦略　　　　　　　　　　　　　　　
    日本海洋学会 2023年度秋季大会, 25 Sep. 2023
  • 福田秀樹; 海老原諒子; 横川太一; 山田洋輔; 佐野雅美; 伊藤幸彦; 永田 俊
    春季三陸沖のフロントにおける粒子の分布特性　　　　　　　　　　　　　　　
    日本海洋学会 2023年度秋季大会, 25 Sep. 2023
  • 山田洋輔
    海洋物質循環における細菌の役割-細菌表面のナノスケール測定による新知見を交えて-　　　　　　　　　　　　　　　
    2023 年度日本農芸化学会中四国支部第 38 若手研究者シンポジウム, 01 Jul. 2023, [Invited]
  • Akiko EBIHARA; Hideki FUKUDA; Yosuke YAMADA; Taichi YOKOKAWA; Toshi NAGATA
    Network analysis of particle-associated microbiome revealed potential key taxa driving carbon export during a subarctic spring phytoplankton bloom　　　　　　　　　　　　　　　
    ASLO Aquatic Sciences Meeting 2023 4–9 June Palma de Mallorca, Spain, 08 Jun. 2023
  • Yosuke Yamada; Toshiaki Mochizuki; Nirav Patel; Farooq Azam; Satoshi Mitarai
    Bacterial surface properties and their effects on nanoparticle scavenging in seawater　　　　　　　　　　　　　　　
    ASLO Aquatic Sciences Meeting 2023 4–9 June Palma de Mallorca, Spain, 07 Jun. 2023
  • 福田秀樹; 山田洋輔; 斎藤宏明; 永田俊
    黒潮周辺海域の表層部における粒径分布の変動特性と有機炭素の沈降フラックス との関係　　　　　　　　　　　　　　　
    黒潮生態系とその 変動を駆動する物理・化学・生物過程シンポジウム講演要旨集, 06 Dec. 2022
  • 海老原 諒子; 福田秀樹; 山田 洋輔; 横川 太一; 永田俊
    海洋沈降性粒子の微生物群集ネットワーク　　　　　　　　　　　　　　　
    日本微生物生態学会要旨集, 01 Nov. 2022
  • 海老原諒子; 福田秀樹; 山田洋輔; 横川太一; 永田俊
    沈降性および懸濁性海洋粒子に特徴的な原核生物群集組成の海域間比較　　　　　　　　　　　　　　　
    日本海洋学会大会講演要旨集, 06 Sep. 2022
  • 山田洋輔; 望月俊昭; Nirav Patel; Farooq Azam; 御手洗哲司
    海洋細菌の表面性状とナノサイズ粒子付着の関係解明　　　　　　　　　　　　　　　
    日本海洋学会大会講演要旨集, 06 Sep. 2022
  • W. Heng; Y. Yamada; P. Chuang; K. Ishikawa; S. Mitarai
    Effects of flows on release of transparent exopolymer particles from corals　　　　　　　　　　　　　　　
    Ocean Science Meeting, Hawaii, USA, 27 Feb-4 Mar, online, 04 Mar. 2022
  • 山田洋輔
    現場観測および顕微鏡観察・画像解析による海洋粒子の性状解明（基調講演）　　　　　　　　　　　　　　　
    日本海洋学会沿岸海洋研究会 日本海洋学会西南支部 九州沖縄地区合同シンポジウム 講演要旨集、水産海洋研究, 22 Nov. 2021, [Invited]
  • 山田 洋輔; N. Patel; F. Azam; 御手洗 哲司
    海洋細菌の表面性状がナノサイズ粒子の付着へ及ぼす影響　　　　　　　　　　　　　　　
    日本海洋学会大会講演要旨集, 29 Nov. 2020
  • 山田洋輔
    細菌・ウイルスによる海洋炭素循環の制御メカニズム（依頼公演）　　　　　　　　　　　　　　　
    日本地球化学会要旨集, 21 Nov. 2020, [Invited]
  • Y. Yamada; N. Patel; F. Azam
    Bacterial surface roughness affects viral attachment in seawater　　　　　　　　　　　　　　　
    Ocean Sciences Meeting, San Diego, USA, 16-21 Feb, 18 Feb. 2020
  • J. Rivera; N. Patel; Y. Yamada; F. Azam; J. Dinasquet
    Bacterioplankton utilization of colloidal organic matter: experimental degradation of the large and abundant protein RuBisCO　　　　　　　　　　　　　　　
    5th Annual Scripps Student Symposium, University of California, San Diego, USA, 26 Sep. 2018
  • 濵﨑 恒二; Shu Kuan Wong; 山田 洋輔; 井上 智; 李 謹岑; 植松 光夫; 岩本 洋子; 上野 祐尉子; 植竹 淳; 高見 英人; 鶴丸 央; 岩田 歩; 松木 篤
    表面マイクロ層とエアロゾルの微生物動態—九十九湾における観測研究の予察報告−　　　　　　　　　　　　　　　
    大気バイオエアロゾルシンポジウム講演要旨集, 20 Feb. 2017
  • Y. Yamada; H. Fukuda; T. Nagata
    Bacterial control of gel-like particle coagulation in seawater: implications for the regulation of biological carbon pump　　　　　　　　　　　　　　　
    AORI-SIO Symposium for Building Strategic Partnership, Martin Johnson House (T-29), Scripps Institution of Oceanography, UC San Diego, USA 3‒4 Oct, 04 Oct. 2016
  • 山田 洋輔; 福田 秀樹; 永田 俊
    黒潮流軸付近において現場型光散乱・透過率粒子測定計で検出された粒子の鉛直分布と粒子サイズ分布　　　　　　　　　　　　　　　
    日本海洋学会大会講演要旨集, 14 Sep. 2016
  • 齋藤 類; 眞野 能; 片山 智代; 日原 勉; 山田 洋輔; 宮本 雅俊
    ナイトセッション A 海洋若手研究者の会―研究者間ネットワークの構築と強化―　　　　　　　　　　　　　　　
    日本海洋学会大会講演要旨集, Sep. 2016
  • 土屋 健司; 鈴木 健太郎; 青木 一弘; 山田 洋輔; 宮本 雅俊
    ナイトセッション A 海洋若手研究者の会―研究者間ネットワークの構築と強化―　　　　　　　　　　　　　　　
    日本海洋学会大会講演要旨集, Mar. 2016
  • Y. Yamada; T. Yokokawa; H. Ogawa; T. Nagata
    Gel-like particles dominate particulate organic carbon in the ocean’s interior – Evidence from subtropical and equatorial regions of the central Pacific　　　　　　　　　　　　　　　
    Ocean Sciences Meeting, New Orleans, USA, 21‒26 Feb, 24 Feb. 2016
  • 山田 洋輔; 福田 秀樹; 内宮 万里央; 茂手木 千晶; 西野 茂人; 菊池 隆; 永田 俊
    西部北極海の陸棚 (チュクチ海) および海盆域 (カナダ海盆) における懸濁態粒子の局所的蓄積と濃度水平勾配　　　　　　　　　　　　　　　
    日本海洋学会大会講演要旨集, 22 Mar. 2015
  • Y. Yamada; H. Fukuda; Y. Tada; K. Kogure; T. Nagata
    Bacterial enhancement of microgel coagulation in seawater　　　　　　　　　　　　　　　
    Aquatic Sciences Meeting, Granada, Spain 22‒27 Feb, 23 Feb. 2015
  • 内宮 万里央; 茂手木 千晶; 山田 洋輔; 楊 燕輝; 福田 秀樹; 永田 俊
    西部北極海における微生物群集・有機物の空間変動およびその支配機構　　　　　　　　　　　　　　　
    日本海洋学会大会講演要旨集, 30 Mar. 2014
  • 山田 洋輔; 福田 秀樹; 永田 俊
    細菌による大型有機凝集物 (マリンスノー) の形成促進要因　　　　　　　　　　　　　　　
    日本海洋学会大会講演要旨集, 20 Sep. 2013
  • 山田 洋輔; 福田 秀樹; 永田 俊
    細菌による大型有機凝集物 (マリンスノー) の形成促進　　　　　　　　　　　　　　　
    日本海洋学会大会講演要旨集, 23 Mar. 2013
  • Y. Yamada; H. Fukuda; K. Inoue; K. Kogure; T. Nagata
    Role of attached bacteria in controlling settling velocity of organic aggregates in seawater　　　　　　　　　　　　　　　
    2nd International Workshop on Marine Aggregates, Bremen, Germany, 15‒17 Aug, 16 Aug. 2012
  • Y. Yamada; H. Fukuda; K. Inoue; K. Kogure; T. Nagata
    Attached bacteria reduce settling velocity of organic aggregates in seawater　　　　　　　　　　　　　　　
    Aquatic Sciences Meeting, Shiga, Japan, 8‒13 Jul, 12 Jul. 2012
  • Y. Yamada; H. Fukuda; K. Inoue; K. Kogure; T. Nagata
    Attached bacteria reduce settling velocity of organic aggregates in seawater　　　　　　　　　　　　　　　
    2nd University of Hawaii and University of Tokyo Joint Symposium on Ocean and Coastal Sciences, Hawaii, USA, 13 Jun. 2012
  • 山田 洋輔; 永田 俊
    海洋における凝集物に付着した細菌の網羅的遺伝子発現解析　　　　　　　　　　　　　　　
    NGS現場の会研究会講演要旨集, 24 May 2012
  • 山田 洋輔; 福田 秀樹; 井上 雄介; 木暮 一啓; 永田 俊
    透明細胞外ポリマー(TEP)の沈降に対する細菌の付着効果　　　　　　　　　　　　　　　
    日本海洋学会大会講演要旨集, 29 Sep. 2011
  • P. Juda; Y. Yamada; J. Smigova; I. Raska; T. Higashinakagawa; D. Cmarko
    Cellular translocation of mouse PcG M33 protein　　　　　　　　　　　　　　　
    22nd Wilhelm Bernhard Workshop, Riga, Latvia, 28 Aug. 2011

Professional Memberships

  • American Society of Limnology and Oceanography　　　　　　　　　　　　　　　
  • 日本海洋学会　　　　　　　　　　　　　　　

Media Coverage