SUMIDA TOMOMI

Institute for Extra-cutting-edge Science and Technology Avant-garde Research of Life Bioresource Innovation Technology and Research Program-

  • Senior Researcher

Researcher Information

Research Areas

  • Life sciences, Structural biochemistry
  • Life sciences, Applied microbiology
  • Life sciences, Molecular biology

Research History

  • Oct. 2024 - Present
    Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology, 生命理工学センター, 主任研究員
  • Apr. 2021 - Sep. 2024
    Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology, 生命理工学センター, 副主任研究員
  • Apr. 2020 - Mar. 2021
    Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology, 生命理工学センター, 特任副主任研究員
  • Apr. 2018 - Mar. 2020
    Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology, 特任技術主任
Research activity information

Papers

Misc.

Books and Other Publications

Presentations

  • 澄田智美
    深海バイオリソースを基盤とした新規酵素探索　　　　　　　　　　　　　　　
    第98回 日本生化学会大会 シンポジウム, 03 Nov. 2025, [Invited]
  • 澄田智美
    多様な環境からの新規酵素探索〜β-GalNAcに作用する糖質分解酵素群の機能的多様性の解明〜　　　　　　　　　　　　　　　
    GlycoTOKYO 2025 シンポジウム, 18 Oct. 2025, [Invited]
  • 澄田智美; 平岡聡史
    海洋環境ゲノム情報を基盤とした有用機能酵素の探索と有用性の検証　　　　　　　　　　　　　　　
    日本農芸化学会 2025年度札幌大会 シンポジウム, 09 Mar. 2025, [Invited]
  • 澄田智美
    多様なβ-GalNAc含有糖鎖に対応した一連の新規酵素群の構造機能解析　　　　　　　　　　　　　　　
    第21回糖鎖科学コンソーシアムシンポジウム, 20 Nov. 2024, [Invited]
  • 澄田智美
    “機能に基づく探索”と“配列に基づく探索”から発見した新規糖質分解酵素の構造機能解析　　　　　　　　　　　　　　　
    第97回日本生化学会大会, 06 Nov. 2024
  • 澄田智美
    深海微生物叢情報から発見した新規糖質分解酵素群の機能的多様性の解明　　　　　　　　　　　　　　　
    日本微生物生態学会第37回広島大会, 29 Oct. 2024
  • 澄田智美
    新規糖質分解酵素群の分子進化と機能的多様性を酵素の構造機能解析から紐解く　　　　　　　　　　　　　　　
    第45回 蛋白質と酵素の構造と機能に関する九州シンポジウム, 29 Sep. 2024, [Invited]
  • 澄田智美
    β-GalNAcに作用する新規糖質分解酵素群の探索と構造機能解析 〜酵素の分子進化と機能的 多様性を紐解く〜　　　　　　　　　　　　　　　
    第13回 応用糖質科学シンポジウム, 27 Sep. 2024, [Invited]
  • 澄田智美
    新規糖質分解酵素群の分子進化を蛋白質の構造機能解析から紐解く　　　　　　　　　　　　　　　
    第94回SPring-8先端利用技術ワークショップ/大阪大学蛋白研セミナー, 09 Sep. 2024, [Invited]
  • 澄田智美
    深海メタゲノム情報から見出された新規糖質分解酵素群の機能的多様性の解明　　　　　　　　　　　　　　　
    第25回酵素応用シンポジウム, 21 Jun. 2024, [Invited]
  • 澄田智美
    深海メタゲノム情報とドメイン検索を利用した新規糖質分解酵素群の探索及び構造機能解析　　　　　　　　　　　　　　　
    第24回 日本蛋白質科学会年会, 13 Jun. 2024, [Invited]
  • 澄田智美
    深海バイオリソースを統合した生物鉱学カルチャーコレクション構想　　　　　　　　　　　　　　　
    日本農芸化学会 2024年度東京大会, 05 Mar. 2024, [Invited]
  • KOBAYASHI Kanae; MAKABE Akiko; SHIGEMITSU Masahito; HIRAOKA Satoshi; TSUDA Miwako; MIYAZAKI Masayuki; SUMIDA Tomomi; NOMAKI Hidetaka; NUNOURA Takuro; KAWAGUCHI Shinsuke
    Combined molecular and stable isotopic analyses reveal the microbial nitrogen cycle in the deep-sea sediments　　　　　　　　　　　　　　　
    日本微生物生態学会大会, 28 Nov. 2023
  • FUKUYAMA Yuto; SHIMAMURA Shigeru; SUMIDA Tomomi; CHIBA Yoko; CHIKARAISHI Yoshito; ATOMI Haruyuki; NUNOURA Takuro
    Assimilation of CO2 in hyperthermophilic and heterotrophic bacteria revealed by 13C tracer-based metabolomics using CE-MS　　　　　　　　　　　　　　　
    日本微生物生態学会大会, 28 Nov. 2023
  • 澄田智美; 平岡聡史; 臼井けい子; 伏信進矢; 布浦拓郎
    Discovery of novel β-N-acetylgalactosamine-targeting glycosidases using deep-sea metagenomic analysis　　　　　　　　　　　　　　　
    日本微生物生態学会大会, 28 Nov. 2023
  • 澄田智美; 平岡聡史; 臼井けい子; 石渡明弘; 伏信進矢; 布浦拓郎
    深海メタゲノム情報を利用した新規糖質分解酵素群の発見及び構造機能相関の解明　　　　　　　　　　　　　　　
    日本応用糖質科学会2023年度第72回大会, 13 Sep. 2023
  • 福山宥斗; 島村繁; 澄田智美; 酒井早苗; 跡見晴幸; 布浦拓郎
    微量メタボローム解析法を用いたMethanothermobacter thermautotrophicusにおけるアミノ酸生合成系の代謝ギャップの探索　　　　　　　　　　　　　　　
    日本Archaea研究会講演会, 2023
  • 澄田智美; 平岡聡史; 臼井けい子; 石渡明弘; 伏信進矢; 布浦拓郎
    深海微生物叢情報を利用した新規糖質分解酵素の探索~新規酵素群の分子進化と機能の多様性を紐解く~　　　　　　　　　　　　　　　
    日本生化学会大会, 2023
  • 福山宥斗; 澄田智美; 島村繁; 酒井早苗; 跡見晴幸; 布浦拓郎
    微量メタボローム解析を用いたMethanothermobacter thermautotrophicusにおけるアミノ酸生合成系の再構築　　　　　　　　　　　　　　　
    日本Archaea研究会講演会要旨集, 2022
  • 平岡聡史; 澄田智美; 平井美穂; 豊田敦; 川口慎介; 横川太一; 布浦拓郎
    海洋微生物叢が持つエピゲノムの多様性と進化・生態との関わり　　　　　　　　　　　　　　　
    日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 2022
  • 澄田智美
    Introduction of the deep-sea bioresource open innovation project and search for valuable enzymes using the deep-sea bioresources　　　　　　　　　　　　　　　
    日本生物工学会大会, 28 Oct. 2021, [Invited]
  • 千葉洋子; 澄田智美; 力石嘉人; 布浦拓郎
    Identification of CO2 fixation pathway of a thermophilic bacterium using a position-specific stable isotope probing　　　　　　　　　　　　　　　
    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2020
  • 澄田智美; SVETLANA Dubiley; BRENDAN Wilcox; KONSTANTIN Severinov; 田上俊輔
    特殊環状構造を持つラッソペプチドの合成メカニズムの解明~第一段階:リーダーペプチド認識機構の解明　　　　　　　　　　　　　　　
    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2019
  • 澄田智美; DUBILEY Svetlana; WILCOX Brendan; SEVERINOV Konstantin; 田上俊輔
    微生物の生き残り戦術に使われる特殊環状ペプチドの生合成機構をタンパク質立体構造から探る　　　　　　　　　　　　　　　
    日本微生物生態学会大会(Web), 2019
  • 野口真人; 橋本晃佑; 澄田智美; 伊東信; 正田晋一郎
    Paenibacillus sp.由来β-N-アセチルガラクトサミニダーゼによるオキサゾリン誘導体の加水分解挙動　　　　　　　　　　　　　　　
    応用糖質科学, 2017
  • 澄田智美; 末吉紀行; 伊東信; 横山茂之
    ガングリオシド/糖脂質に作用する新規グリコシダーゼ群の構造と機能　　　　　　　　　　　　　　　
    日本糖質学会年会要旨集, 2014
  • 澄田智美; 伊東信; 横山茂之
    自然界でスフィンゴ糖脂質の分解を担う細菌由来グリコシダーゼの網羅的研究~新規β-N-アセチルガラクトサミニダーゼの基質認識の解明~　　　　　　　　　　　　　　　
    日本生化学会大会(Web), 2014
  • 榊原圭子; 澄田智美; 八丈野孝; 菅原聡子; 瀧澤香; 寺田貴帆; 白水美香子; 白須賢; 横山茂之; 斉藤和季
    アントシアニン・キシロース転移酵素の結晶構造に基づく機能解析　　　　　　　　　　　　　　　
    日本植物生理学会年会要旨集, 2013
  • 澄田智美; 伊東信; 横山茂之
    糖脂質に作用する新規β-N-アセチルガラクトサミニダーゼの発現及び触媒機構の解明　　　　　　　　　　　　　　　
    日本糖質学会年会要旨集, 2013
  • 澄田智美; 伊東信; 横山茂之
    Paenibacillus sp.TS12株由来のβ-ヘキソサミニダーゼの糖脂質代謝機構の解明及び阻害剤認識メカニズムの解析　　　　　　　　　　　　　　　
    日本生化学会大会(Web), 2012
  • 柳沢達男; 澄田智美; 石井亮平; 横山茂之
    アミノアシルtRNA合成反応前後のコンフォメーションを捉えたピロリジルtRNA合成酵素の新しい結晶形　　　　　　　　　　　　　　　
    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2012
  • 柳沢達男; 澄田智美; 石井亮平; 石井亮平; 竹本千重; 横山茂之
    リジル-tRNA合成酵素パラログGenX/PoxA/YjeA,およびYjeKによる翻訳因子EF-Pの翻訳後修飾　　　　　　　　　　　　　　　
    日本RNA学会年会要旨集, 2010
  • 澄田智美; 澄田智美; 柳沢達男; 横山茂之; 横山茂之; 伊東信
    原核生物由来の新規β-ヘキソサミニダーゼの発現クローニングおよびX線結晶構造解析　　　　　　　　　　　　　　　
    日本糖質学会年会要旨集, 2007
  • SUMIDA Tomomi; SUMIDA Tomomi; YANAGISAWA Tatsuo; MORI Yukie; YOKOYAMA Shigeyuki; YOKOYAMA Shigeyuki; KONNO Michiko
    Crystal structure of Pyrococcus horikoshii arginyl-tRNA synthetase complexed with tRNAArg and ATP analogue　　　　　　　　　　　　　　　
    生物物理, 2006
  • Sumida Tomomi; Yanagisawa Tatsuo; Mori Yukie; Yokoyama Shigeyuki; Konno Michiko
    1P200 Crystal structure of Pyrococcus horikoshii arginyl-tRNA synthetase complexed with tRNA^ and ATP analogue(7. Nucleic acid binding protein,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
    Seibutsu Butsuri, 2006
  • 内川瑛美子; 澄田智美; 森幸恵; 柳沢達男; 横山茂之; 今野美智子
    Pyrococcus holikoshii由来N末端欠損型アルギニル-tRNA合成酵素の結晶学的研究　　　　　　　　　　　　　　　
    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2006
  • 鳥居真実子; 清原正志; 澄田智美; 沖野望; 伊東信
    多糖結合部位を持つ海洋細菌のシアリダーゼ　　　　　　　　　　　　　　　
    日本農芸化学会大会講演要旨集, 2005
  • 澄田智美; 藤本賢; 末吉紀行; 伊東信
    微生物由来の糖脂質分解酵素の網羅的クローニングと糖脂質の系統的調製　　　　　　　　　　　　　　　
    日本農芸化学会大会講演要旨集, 2003
  • 澄田智美; 末吉紀行; 伊東信
    スフィンゴ糖脂質に作用する新規ヘキソサミニダーゼの単離と特異性の解析　　　　　　　　　　　　　　　
    生化学, 2002
  • 澄田智美; 末吉紀行; 伊東信
    原核生物由来の新規グルコセレブロシダーゼの発現クローニングと解析　　　　　　　　　　　　　　　
    日本糖質学会年会要旨集, 2002
  • 澄田智美; 末吉紀行; 伊東信
    Paenibacillus sp.TS12のエキソ型ガングリオシド分解酵素遺伝子の発現クローニング　　　　　　　　　　　　　　　
    生化学, 2001