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Papers
- Yi Zhang; Yoshihiro Takaki; Yukari Yoshida-Takashima; Satoshi Hiraoka; Kanako Kurosawa; Takuro Nunoura; Ken Takai
A sequential one-pot approach for rapid and convenient characterization of putative restriction-modification systems.
mSystems, 16 Oct. 2023
e0081723 - Yukari Yoshida-Takashima; Yoshihiro Takaki; Mitsuhiro Yoshida; Yi Zhang; Takuro Nunoura; Ken Takai
Genomic insights into phage-host interaction in the deep-sea chemolithoautotrophic Campylobacterota, Nitratiruptor
ISME Communications, 01 Nov. 2022
2, 1 - Yuki Hongo; Kei Kimura; Yoshihiro Takaki; Yukari Yoshida; Shuichiro Baba; Genta Kobayashi; Keizo Nagasaki; Takeshi Hano; Yuji Tomaru
The genome of the diatom Chaetoceros tenuissimus carries an ancient integrated fragment of an extant virus.
Scientific reports, 24 Nov. 2021
11, 1, 22877, 22877 - Syun-Ichi Urayama; Yoshihiro Takaki; Shinro Nishi; Yukari Yoshida-Takashima; Shigeru Deguchi; Ken Takai; Takuro Nunoura
Unveiling the RNA virosphere associated with marine microorganisms.
Molecular ecology resources, Nov. 2018
18, 6, 1444, 1455 - Mitsuhiro Yoshida; Tomohiro Mochizuki; Syun-Ichi Urayama; Yukari Yoshida-Takashima; Shinro Nishi; Miho Hirai; Hidetaka Nomaki; Yoshihiro Takaki; Takuro Nunoura; Ken Takai
Quantitative Viral Community DNA Analysis Reveals the Dominance of Single-Stranded DNA Viruses in Offshore Upper Bathyal Sediment from Tohoku, Japan.
Frontiers in microbiology, 2018
9, 75, 75 - Bin Zhu; Longfei Wang; Hitoshi Mitsunobu; Xueling Lu; Alfredo J Hernandez; Yukari Yoshida-Takashima; Takuro Nunoura; Stanley Tabor; Charles C Richardson
Deep-sea vent phage DNA polymerase specifically initiates DNA synthesis in the absence of primers.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 21 Mar. 2017
114, 12, E2310-E2318 - Takuro Nunoura; Miho Hirai; Yukari Yoshida-Takashima; Manabu Nishizawa; Shinsuke Kawagucci; Taichi Yokokawa; Junichi Miyazaki; Osamu Koide; Hiroko Makita; Yoshihiro Takaki; Michinari Sunamura; Ken Takai
Distribution and Niche Separation of Planktonic Microbial Communities in the Water Columns from the Surface to the Hadal Waters of the Japan Trench under the Eutrophic Ocean.
Frontiers in microbiology, 2016
7, 1261, 1261 - Mitsuhiro Yoshida; Yukari Yoshida-Takashima; Takuro Nunoura; Ken Takai
Identification and genomic analysis of temperate Pseudomonas bacteriophage PstS-1 from the Japan trench at a depth of 7000 m.
Research in microbiology, Nov. 2015
166, 9, 668, 76 - Mitsuhiro Yoshida; Yukari Yoshida-Takashima; Takuro Nunoura; Ken Takai
Genomic characterization of a temperate phage of the psychrotolerant deep-sea bacterium Aurantimonas sp.
Extremophiles : life under extreme conditions, Jan. 2015
19, 1, 49, 58 - Syun-Ichi Urayama; Yukari Yoshida-Takashima; Mitsuhiro Yoshida; Yuji Tomaru; Hiromitsu Moriyama; Ken Takai; Takuro Nunoura
A New Fractionation and Recovery Method of Viral Genomes Based on Nucleic Acid Composition and Structure Using Tandem Column Chromatography.
Microbes and environments, 2015
30, 2, 199, 203 - Katsunori Yanagawa; Yuki Morono; Yukari Yoshida-Takashima; Masamitsu Eitoku; Michinari Sunamura; Fumio Inagaki; Hiroyuki Imachi; Ken Takai; Takuro Nunoura
Variability of subseafloor viral abundance at the geographically and geologically distinct continental margins.
FEMS microbiology ecology, Apr. 2014
88, 1, 60, 8 - Yukari Yoshida-Takashima; Yoshihiro Takaki; Shigeru Shimamura; Takuro Nunoura; Ken Takai
Genome sequence of a novel deep-sea vent epsilonproteobacterial phage provides new insight into the co-evolution of Epsilonproteobacteria and their phages.
Extremophiles : life under extreme conditions, May 2013
17, 3, 405, 19 - Takuroh Noguchi; Wataru Tanikawa; Takehiro Hirose; Weiren Lin; Shinsuke Kawagucci; Yukari Yoshida-Takashima; Makio C. Honda; Ken Takai; Hiroshi Kitazato; Kei Okamura
Dynamic process of turbidity generation triggered by the 2011 Tohoku-Oki earthquake
GEOCHEMISTRY GEOPHYSICS GEOSYSTEMS, Nov. 2012
13 - Yukari Yoshida-Takashima; Takuro Nunoura; Hiromi Kazama; Takuroh Noguchi; Kazuhiro Inoue; Hironori Akashi; Toshiro Yamanaka; Tomohiro Toki; Masahiro Yamamoto; Yasuo Furushima; Yuichiro Ueno; Hiroyuki Yamamoto; Ken Takai
Spatial distribution of viruses associated with planktonic and attached microbial communities in hydrothermal environments.
Applied and environmental microbiology, Mar. 2012
78, 5, 1311, 20 - Shinsuke Kawagucci; Yukari T. Yoshida; Takuroh Noguchi; Makio C. Honda; Hiroshi Uchida; Hidenori Ishibashi; Fumiko Nakagawa; Urumu Tsunogai; Kei Okamura; Yoshihiro Takaki; Takuro Nunoura; Junichi Miyazaki; Miho Hirai; Weiren Lin; Hiroshi Kitazato; Ken Takai
Disturbance of deep-sea environments induced by the M9.0 Tohoku Earthquake
SCIENTIFIC REPORTS, Feb. 2012
2 - Yukari Yoshida-Takashima; Mitsuhiro Yoshida; Hiroyuki Ogata; Keizo Nagasaki; Shingo Hiroishi; Takashi Yoshida
Cyanophage infection in the bloom-forming cyanobacteria Microcystis aeruginosa in surface freshwater.
Microbes and environments, 2012
27, 4, 350, 5 - Mitsuhiro Yoshida; Takashi Yoshida; Yukari Yoshida-Takashima; Aki Kashima; Shingo Hiroishi
Real-time PCR detection of host-mediated cyanophage gene transcripts during infection of a natural Microcystis aeruginosa population.
Microbes and environments, 2010
25, 3, 211, 5 - M Yoshida; T Yoshida; M Satomi; Y Takashima; N Hosoda; S Hiroishi
Intra-specific phenotypic and genotypic variation in toxic cyanobacterial Microcystis strains.
Journal of applied microbiology, Aug. 2008
105, 2, 407, 15 - Mitsuhiro Yoshida; Takashi Yoshida; Aki Kashima; Yukari Takashima; Naohiko Hosoda; Keizo Nagasaki; Shingo Hiroishi
Ecological dynamics of the toxic bloom-forming cyanobacterium Microcystis aeruginosa and its cyanophages in freshwater
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, May 2008
74, 10, 3269, 3273 - Takashi Yoshida; Keizo Nagasaki; Yukari Takashima; Yoko Shirai; Yuji Tomaru; Yoshitake Takao; Shigetaka Sakamoto; Shingo Hiroishi; Hiroyuki Ogata
Ma-LMM01 infecting toxic Microcystis aeruginosa illuminates diverse cyanophage genome strategies
JOURNAL OF BACTERIOLOGY, Mar. 2008
190, 5, 1762, 1772 - Takashi Yoshida; Mitsuhiro Yoshida; Yukari Takashima; Shingo Hiroishi; Keizo Nagasaki
Monitoring of a toxic cyanobacterium Microcystis aeruginosa and its infectious cyanophage
NIPPON SUISAN GAKKAISHI, Mar. 2007
73, 2, 302, 305 - Yukari Takashima; Takashi Yoshida; Aki Kashima; Shingo Hiroishi; Keizo Nagasaki
Cryopreservation of a myovirus infecting the toxin-producing cyanobacterium Microcystis aeruginosa
MICROBES AND ENVIRONMENTS, 2007
22, 3, 297, 299 - Yukari Takashima; Takashi Yoshida; Mitsuhiro Yoshida; Yoko Shirai; Yuji Tomaru; Yoshitake Takao; Shingo Hiroishi; Keizo Nagasaki
Development and application of quantitative detection of cyanophages phylogenetically related to cyanophage Ma-LMM01 infecting Microcystis aeruginosa in fresh water
MICROBES AND ENVIRONMENTS, 2007
22, 3, 207, 213 - Mitsuhiro Yoshida; Takashi Yoshida; Yukari Takashima; Naohiko Hosoda; Shingo Hiroishi
Dynamics of microcystin-producing and non-microcystin-producing Microcystis populations is correlated with nitrate concentration in a Japanese lake
FEMS MICROBIOLOGY LETTERS, Jan. 2007
266, 1, 49, 53 - Takashi Yoshida; Yukari Takashima; Yuji Tomaru; Yoko Shirai; Yoshitake Takao; Shingo Hiroishi; Keizo Nagasaki
Isolation and characterization of a cyanophage infecting the toxic cyanobacterium Microcystis aeruginosa
Applied and Environmental Microbiology, Feb. 2006
72, 2, 1239, 1247
Misc.
- 吉田ゆかり; 吉田光宏; 高木善弘; 布浦拓郎; 高井研
Characterization of novel filamentous ssDNA viruses infecting chemolithoautotrophic Nitratiruptor
日本微生物生態学会大会(Web), 2023
36th - 本郷悠貴; 木村圭; 高木善弘; 吉田ゆかり; 長崎慶三; 羽野健志; 外丸裕司
海産珪藻Chaetoceros tenuissimusのゲノム中に見られた感染性ウイルス遺伝子の挿入履歴
藻類, 2022
70, 1 - 平井 美穂; 布浦 拓郎; 吉田 ゆかり; 西澤 学; 牧田 寛子; 小出 修; 川口 慎介; 宮崎 淳一; 高井 研
PA-005 日本海溝横断 : 水塊中の硝化菌群集構造(水圏生態系,ポスター発表)
日本微生物生態学会講演要旨集, 2013
29, 102, 102 - 柳川,勝紀; 吉田,ゆかり; 諸野,祐樹; 砂村,倫成; 布浦,拓郎
102a-1 深海底堆積物中のウィルス分布(102a 極限環境,口頭発表)
日本微生物生態学会講演要旨集, 08 Oct. 2011
51 - Noguchi Takuro; Takai Ken; Kitazato Hiroshi; Tanikawa Wataru; Lin Weiren; Hirose Takehiro; Tadai Osamu; Okamura Kei; Honda Makio; Kawagucci Shinsuke; Yoshida Yukari
Turbidity anomaly and submarine landslide in the Tohoku earthquake
Annual Meeting of the Geological Society of Japan, 2011
2011, 0, 355, 355
Books and Other Publications
Presentations
- 吉田ゆかり、吉田光宏、高木善弘、布浦拓郎、高井研
化学合成独立栄養細菌Nitratiruptorに感染する一本鎖DNAウイルスの性状解析
日本微生物生態学会第36回大会, 28 Nov. 2023 - 吉田 ゆかり, 吉田 光宏, 高木 善弘, 布浦 拓郎, 高井 研
深海底熱水生態系における一本鎖DNAウイルスの探索
日本微生物生態学会第35回大会, 01 Nov. 2022 - 本郷悠貴, 木村圭, 高木善弘, 吉田ゆかり, 長崎慶三, 羽野健志, 外丸裕司
海産珪藻Chaetoceros tenuissimusのゲノム中に見られた感染性ウイルス遺伝子の挿入履歴
藻類学会, 29 Mar. 2022 - Yuki Hongo, Kei kimura, Yoshihiro Takaki, Yukari Yoshida, Shuichiro Baba, Genta Kobayashi, Keizo Nagasaki, Takeshi Hano, Yuji Tomaru
Integration of ssDNA fragment from an infectious virus in the genome of the diatom Chaetoceros tenuissimus
10th Aquatic Virus Workshop, 30 Jun. 2021 - 吉田ゆかり、高木善弘、吉田光宏、布浦拓郎、高井研
熱水噴出孔に優先する化学独立栄養細菌と溶原化ファージの共進化について
ネオウイルス学領域班会議, 06 Nov. 2019 - 吉田ゆかり、高木善弘、布浦拓郎、高井研
Persephonella sp.から誘発される溶原性ファージの性状解析
日本微生物生態学会第32回大会, 13 Jul. 2018 - 浦山 俊一 , 西 真郎 , 吉田 ゆかり , 高木 善弘 , 高井 研
網羅的RNAウイルス検出手法
分子生物学会, 02 Dec. 2016 - 吉田 ゆかり, 吉田 光宏, 西 真郎, 高木 善弘, 高井 研
イプシロンプロテオバクテリアが産生する細胞外膜小胞の形態学的・遺伝学的特徴
第31回日本微生物生態学会大会, 23 Oct. 2016 - 吉田 光宏, 望月 智弘, 浦山 俊一, 吉田(高島) ゆかり, 西 真郎, 高木 善弘, 布浦 拓郎, 高井 研
一本鎖DNAウイルス群を標的とする定量的メタゲノミクス
第31回日本微生物生態学会大会, 23 Oct. 2016 - 吉田 光宏,望月 智弘,浦山 俊一,吉田(高島) ゆかり,西 真郎,高木 善弘,布浦 拓郎,高井 研
一本鎖DNAウイルス群を標的とする定量的メタゲノミクス
ファージ・環境ウイルス研究合同シンポジウム, 21 Oct. 2016 - 浦山 俊一 , 高木 善弘 , 西 真郎 , 吉田 ゆかり , 布浦 拓郎
海洋における微生物細胞内・外RNAウイルスの多様性解析
ファージ・環境ウイルス研究合同シンポジウム, 21 Oct. 2016 - Yukari Yoshida, Yoshihiro Takaki, Takuro Nunoura, 高井研
Diversity and Evolutionary Relationships of Temperate Phages in Deep-sea Chemolithoautotrophic Epsilonproteobacteria, Nitratiruptor
Extremophiles 2016, 15 Sep. 2016 - Mitsuhiro Yoshida, Yukari Yoshida-Takashima, Takuro Nunoura, Ken Takai
Genomic characterization of a temperate phage of the piezotolerant and psychrotolerant pseudomonas sp. from the Japan Trench at a depth of 7,000 m
11th International Congress on Extremophiles, 13 Sep. 2016 - 吉田ゆかり,高木善弘, 布浦拓郎, 高井研
イプシロンプロテオバクテリアの溶原ファージのゲノム多様性と宿主との進化的相互関係
ブルーアース2016, 08 Mar. 2016 - 浦山俊一、吉田ゆかり、高木善弘、高井研、布浦拓郎
宿主病徴に依存しない網羅的RNAウイルスゲノム決定手法の確立
日本ゲノム微生物学会, 04 Mar. 2016 - Mitsuhiro Yoshida*, Yukari Yoshida-Takashima, Takuro Nunoura, Ken Takai
Identification and genomic analysis of temperate Pseudomonas bacteriophage PstS-1 from the Japan trench at a depth of 7000 m
第30回日本微生物生態学会大会, 19 Oct. 2015 - 吉田ゆかり, 高木善弘, 布浦拓郎, 高井研
イプシロンプロテオバクテリアとファージの進化的相互作用の解明
日本微生物生態学会第30回大会, 18 Oct. 2015 - Syun-ichi Urayama, Yukari Yoshida, Mitsuhiro Yoshida, Ken Takai, Takuro Nunoura
Fractionation of four types of viral nucleic acids by using hydroxyapatite and cellulose chromatography
The annual meeting of the American Society for Virology, 10 Jul. 2015 - 吉田ゆかり、高木善弘、吉田光宏、布浦拓郎、高井研
極限環境におけるウイルスのゲノム解析
NGS現場の会 第四回研究会, 01 Jul. 2015 - 浦山俊一、吉田ゆかり、吉田光宏、高木善弘、高井研、布浦拓郎
ウイルス核酸種4種の同時分画及びdsRNAメタゲノム手法の確立
第9回 日本ゲノム微生物学会年会, 07 Mar. 2015 - 外丸裕司、木村圭、吉田ゆかり、高木善弘
珪藻に感染するウイルスの研究
第一回分子珪藻研究会, 15 Dec. 2014 - 布浦拓郎・平井美穂・吉田ゆかり・西澤学・川口慎介・牧田寛子・宮崎淳一、 砂村倫成、高井研
日本海溝横断調査から見えた海溝生命圏の成り立ち
日本地球惑星科学連合合同大会, 30 Apr. 2014 - 吉田ゆかり
深海底熱水噴出域におけるウイルスの生態
日本地球惑星科学連合大会2014, 28 Apr. 2014 - 布浦拓郎、平井美穂、吉田ゆかり、西澤学、川口慎介、牧田寛子、宮崎淳一、砂村倫成、高井研
日本海溝横断調査から見えた海溝生命圏の成り立ち
ブルーアース2014, 19 Feb. 2014 - 平井 美穂、布浦拓郎、吉田ゆかり、西澤学、川口慎介、宮崎淳一、牧田寛子、小出修、高井研
日本海溝横断~水塊中の硝化菌群集構造~
微生物生態学会2013, 23 Nov. 2013 - 吉田ゆかり、高木善弘、布浦拓郎、高井研
深海熱水噴出域に生息する化学合成独立栄養細菌の溶原性ファージのゲノム解析
第29回日本微生物生態学会大会, 23 Nov. 2013 - 吉田ゆかり、高木善弘、島村繁、布浦拓郎、高井研
深海熱水活動域に生息するイプシロンプロテオバクテリアの溶原性ファージのゲノム解析
第7回日本ゲノム微生物学会年会, 09 Mar. 2013 - 吉田ゆかり、高木善弘、島村繁、布浦拓郎、高井研
深海底熱水活動域に生息する化学合成独立栄養細菌に感染するファージのゲノム解析
日本進化学会第14回東京大会, 21 Aug. 2012, [Invited] - Nunoura Takuro, Sunamura Michinari, Hirai Miho, Miyazaki Junichi, Makabe Akiko, Yoshida Yukari, Nishizawa Manabu, Inoue Kazuhiro, Kikuchi Tohru, Koide Osamu, Ueno Yuichiro, Takai Ken
Depth profiles of the marine ammonia-oxidizing Thaumarchaea from sea surface to bottom of the trenches
Molecular Biology of Archaea 3, 03 Jul. 2012 - Nunoura Takuro, Sunamura Michinari, Hirai Miho, Miyazaki Junichi, Makabe Akiko, Yoshida Yukari, Nishizawa Manabu, Inoue Kazuhiro, Kikuchi Tohru, Koide Osamu, Ueno Yuichiro, Takai Ken
Microbial diversity and ecosystem in hadopelagic waters and sediments: waters and sediments in the Challenger Deep, and sediments in the Ogasawara Trench
Gordon Conference Marine Microbes, 27 Jun. 2012 - Yukari Yoshida, Takuro Nunoura, Hiromi Kazama, Takuroh Noguchi, Hironori Akashi, Toshiro Yamanaka, Masahiro Yamamoto, Yasuo Furushima, Yuichiro Ueno, Hiroyuki Yamamoto, Ken Takai
Spatial distribution of viruses associated with planktonic and adhesive microbial communities in hydrothermal environments
Aquatic Virus Workshop 6, 03 Nov. 2011 - 吉田ゆかり、布浦拓郎、島村繁、高井研
深海底熱水噴出域から単離した化学合成独立栄養細菌の溶原性ファージの性状解析
第27回日本微生物生態学会大会, 08 Oct. 2011 - 吉田ゆかり、布浦拓郎、高井研
熱水噴出域におけるウイルスの分布と現存量
第26回日本微生物生態学会大会, 25 Nov. 2010 - 吉田 ゆかり,布浦 拓郎(JAMSTEC) , 高井 研(JAMSTEC)
沖縄トラフ鳩間海丘熱水噴出域におけるウイルスの分布とその単離の試み
Blue Earth '10, 02 Mar. 2010 - 吉田 ゆかり,布浦 拓郎(JAMSTEC) , 高井 研(JAMSTEC)
深海底熱水噴出域におけるウイルスの探索
日本微生物生態学会第25回大会, 21 Oct. 2009
