Researcher Information
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Research Areas
Research History
- Apr. 2026 - Present
Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology (JAMSTEC), Bioresource Innovation Technology and Research Program (BITER), Department of Life and Earth Sciences, Researcher - Oct. 2025 - Mar. 2026
海洋研究開発機構(JAMSTEC) 生命理工学センター, 深海バイオリソース研究グループ, 副主任研究員 - Apr. 2021 - Sep. 2025
海洋研究開発機構(JAMSTEC) 生命理工学センター, 深海バイオリソース研究グループ, 研究員 - Apr. 2019 - Mar. 2021
海洋研究開発機構(JAMSTEC), 生命理工学センター 深海バイオリソース研究グループ, 特任研究員 - Apr. 2018 - Mar. 2019
海洋研究開発機構(JAMSTEC), 海洋生命理工学研究開発センター 深海バイオ・オープンイノベーションプラットフォーム, 特任研究員
Education
- Apr. 2015 - Mar. 2018, The University of Tokyo, Graduate School of Frontier Sciences, メディカル情報生命専攻
- Apr. 2013 - Mar. 2015, The University of Tokyo, Graduate School of Frontier Sciences, Department of Computational Biology
- Apr. 2011 - Mar. 2013, The University of Tokyo, Faculty of Science, Undergraduate Program for Bioinformatics and Systems Biology
Research activity information
Papers
- Michiko Takahashi; Satoshi Hiraoka; Yuki Matsumoto; Rikako Shibagaki; Takako Ujihara; Maeda Hiromichi; Satoru Seo; Keizo Nagasaki; Hiroaki Takeuchi; Shigenobu Matsuzaki
Host-encoded DNA methyltransferases modify the epigenome and host tropism of invading phages
iScience, Apr. 2025
28, 4, 112264, 112264
[Reviewed]
Lead - Satoshi Hiraoka; Minoru Ijichi; Hirohiko Takeshima; Yohei Kumagai; Ching-Chia Yang; Yoko Makabe-Kobayashi; Hideki Fukuda; Susumu Yoshizawa; Wataru Iwasaki; Kazuhiro Kogure; Takuhei Shiozaki
Probe Capture Enrichment Sequencing of amoA Genes Improves the Detection of Diverse Ammonia-Oxidising Archaeal and Bacterial Populations.
Molecular ecology resources, 18 Nov. 2024
e14042
[Reviewed]
Lead, Corresponding - Mikako Tachioka; Mikiko Tsudome; Miwako Tsuda; Satoshi Hiraoka; Masayuki Miyazaki; Yoshihiro Takaki; Shigeru Deguchi
Characteristics of deep-sea microbial cellulases: key determinants of the ultimate fate of plant biomass on Earth
Journal of Wood Science, 14 Nov. 2024
70, 1
[Reviewed] - Tomomi Sumida; Satoshi Hiraoka; Keiko Usui; Akihiro Ishiwata; Toru Sengoku; Keith A Stubbs; Katsunori Tanaka; Shigeru Deguchi; Shinya Fushinobu; Takuro Nunoura
Genetic and functional diversity of β-N-acetylgalactosamine-targeting glycosidases expanded by deep-sea metagenome analysis.
Nature communications, 10 May 2024
15, 1, 3543
[Reviewed] - Yi Zhang; Yoshihiro Takaki; Yukari Yoshida-Takashima; Satoshi Hiraoka; Kanako Kurosawa; Takuro Nunoura; Ken Takai
A sequential one-pot approach for rapid and convenient characterization of putative restriction-modification systems.
mSystems, 16 Oct. 2023
e0081723
[Reviewed] - Satoshi Hiraoka; Tomomi Sumida; Miho Hirai; Atsushi Toyoda; Shinsuke Kawagucci; Taichi Yokokawa; Takuro Nunoura
〔Major achievements〕Diverse DNA modification in marine prokaryotic and viral communities.
Nucleic acids research, 22 Feb. 2022
50, 3, 1531, 1550
[Reviewed]
Lead, Corresponding - Satoshi Hiraoka; Miho Hirai; Yohei Matsui; Akiko Makabe; Hiroaki Minegishi; Miwako Tsuda; Juliarni; Eugenio Rastelli; Roberto Danovaro; Cinzia Corinaldesi; Tomo Kitahashi; Eiji Tasumi; Manabu Nishizawa; Ken Takai; Hidetaka Nomaki; Takuro Nunoura
〔Major achievements〕Microbial community and geochemical analyses of trans-trench sediments for understanding the roles of hadal environments.
The ISME journal, Mar. 2020
14, 3, 740, 756
[Reviewed]
Lead, Corresponding - Mio Takeuchi; Haruka Ozaki; Satoshi Hiraoka; Yoichi Kamagata; Susumu Sakata; Hideyoshi Yoshioka; Wataru Iwasaki
Possible cross-feeding pathway of facultative methylotroph Methyloceanibacter caenitepidi Gela4 on methanotroph Methylocaldum marinum S8
PLOS ONE, 14 Mar. 2019
14, 3, e0213535
[Reviewed] - Satoshi Hiraoka; Yusuke Okazaki; Mizue Anda; Atsushi Toyoda; Shin-ichi Nakano; Wataru Iwasaki
〔Major achievements〕Metaepigenomic analysis reveals the unexplored diversity of DNA methylation in an environmental prokaryotic community
Nature Communications, 11 Jan. 2019
10, 159
[Reviewed]
Lead, Corresponding - Tazro Ohta; Takeshi Kawashima; Natsuko O. Shinozaki; Akito Dobashi; Satoshi Hiraoka; Tatsuhiko Hoshino; Keiichi Kanno; Takafumi Kataoka; Shuichi Kawashima; Motomu Matsui; Wataru Nemoto; Suguru Nishijima; Natsuki Suganuma; Haruo Suzuki; Y-h. Taguchi; Yoichi Takenaka; Yosuke Tanigawa; Momoka Tsuneyoshi; Kazutoshi Yoshitake; Yukuto Sato; Riu Yamashita; Kazuharu Arakawa; Wataru Iwasaki
Collaborative environmental DNA sampling from petal surfaces of flowering cherry Cerasus × yedoensis ‘Somei-yoshino’ across the Japanese archipelago
Journal of Plant Research, 19 Feb. 2018
131, 4, 709, 717
[Reviewed] - Satoshi Hiraoka; Masaya Miyahara; Kazushi Fujii; Asako Machiyama; Wataru Iwasaki
Seasonal Analysis of Microbial Communities in Precipitation in the Greater Tokyo Area, Japan
Frontiers in Microbiology, 11 Aug. 2017
8, 1506
[Reviewed]
Lead, Corresponding - Satoshi Hiraoka; Asako Machiyama; Minoru Ijichi; Kentaro Inoue; Kenshiro Oshima; Masahira Hattori; Susumu Yoshizawa; Kazuhiro Kogure; Wataru Iwasaki
Genomic and metagenomic analysis of microbes in a soil environment affected by the 2011 Great East Japan Earthquake tsunami.
BMC genomics, 14 Jan. 2016
17, 1, 53, 53
[Reviewed]
Lead, Corresponding - Satoshi Hiraoka; Ching-chia Yang; Wataru Iwasaki
Metagenomics and Bioinformatics in Microbial Ecology: Current Status and Beyond
Microbes and environments, 2016
31, 3, 204, 212
Lead, Corresponding
Misc.
- 澄田智美; 平岡聡史; 臼井けい子; 伏信進矢; 布浦拓郎
Discovery of novel β-N-acetylgalactosamine-targeting glycosidases using deep-sea metagenomic analysis
日本微生物生態学会大会(Web), 2023
36th - 澄田智美; 平岡聡史; 臼井けい子; 石渡明弘; 伏信進矢; 布浦拓郎
深海微生物叢情報を利用した新規糖質分解酵素の探索~新規酵素群の分子進化と機能の多様性を紐解く~
日本生化学会大会(Web), 2023
96th
Books and Other Publications
- Contributor, 講座
原核生物・ウイルスのエピゲノム研究の展開
日本防菌防黴学会誌 Vol.54，No.3, Mar. 2026 - 平岡聡史, Contributor, 第Ⅰ部第3章メタゲノム/16S rRNA アンプリコンシークエンスデータ
大規模データで困ったときに、まず図を描くことからはじめる生命科学データ解析 : 解析のゴールドスタンダードを学び、生成AIとの対話でPython・Rを使いこなす
羊土社, Jul. 2025
9784758122825 - 澄田智美; 平岡聡史, Contributor, みにれびゅう
深海微生物のメタゲノム解析が切り拓く未知の酵素の世界～β-GalNAcに作用する新規酵素群の分子進化の歴史をひもとく～
公益社団法人日本生化学会 生化学 Vol.97 No.1, Feb. 2025
Presentations
- 平岡聡史
微生物のDNA化学修飾の役割理解を目指したエピゲノム解析
第13回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2025), 03 Sep. 2025, [Invited] - 平岡聡史
ゲノムから見る環境微生物
第2回最先端クロストーク, 12 Jul. 2025 - 平岡聡史; 張翼; 島村繁; 河合繁; 塚本雄也; 西原亜理沙
高温環境微生物叢を対象としたメタエピゲノム解析
第19回日本ゲノム微生物学会, 17 Mar. 2025 - 澄田智美; 平岡聡史; 臼井けい子; 出口茂; 伏信進矢; 布浦拓郎
深海微生物叢情報から発見した新規糖質分解酵素群の機能的多様性の解明
日本微生物生態学会第37回広島大会, 29 Oct. 2024 - 酒井早苗; 福山宥斗; 平岡聡史; 田角栄二; 島村繁; 小河原美幸; 宮崎征行; 宮崎淳一; 高井研
硫酸還元アーキア ”Archaeoglobus lithotrophicus ” MCR株の菌学的特徴とCO利用性
日本微生物生態学会第37回広島大会, 29 Oct. 2024 - 平岡聡史; 河合繁; 島村繁; 張翼; 塚本雄也; 西原亜理沙
高温環境微生物叢の網羅的エピゲノム解析
日本微生物生態学会第37回広島大会, 29 Oct. 2024 - 平岡聡史
地球微生物学とバイオインフォマティクス
日本地球化学会 第71回年会, 18 Sep. 2024, [Invited] - 平岡聡史
環境微生物生態の理解を目指したメタゲノム解析研究の展開
公益財団法人大隅基礎科学創成財団務 微生物コンソーシアム, 04 Jun. 2024, [Invited] - Satoshi Hiraoka
Culture-independent sequencing analysis of microbial community in deep-sea sediment
JpGU2024, 28 May 2024, [Invited] - 西原 亜理沙; 飯野 隆夫; 河合 繁; 塚本 雄也; 平岡 聡史; 延 優; 大熊 盛也
陸生温泉の微生物ストリーマーにおける希少微生物叢の発見
日本地球惑星科学連合2024年大会, 28 May 2024, [Invited] - 平岡聡史
未培養系統が優占する環境微生物叢の代謝を理解するためのシーケンス解析
第一回微生物代謝研究会, 11 May 2024, [Invited] - Satoshi Hiraoka
Culture-independent sequencing analysis of deep-sea microbial community
日本生態学会第71回全国大会, 19 Mar. 2024, [Invited] - 平岡聡史
環境微生物の理解に向けたバイオインフォマティクス研究
日本微生物生態学会第36回浜松大会, 30 Nov. 2023, [Invited] - 高橋迪子; 平岡聡史; 柴垣里佳子; 前田広道; 瀬尾智; 松崎茂展
ピロリ菌保有DNAメチルトランスフェラーゼがバクテリオファージKHP30の感染能に及ぼす影響
日本微生物生態学会第36回浜松大会, 29 Nov. 2023 - 澄田智美; 平岡聡史; 臼井けい子; 伏信進矢; 布浦拓郎
深海微生物叢情報を利用したβ-GalNAc含有糖鎖に作用する新規糖質分解酵素群の発見
日本微生物生態学会第36回浜松大会 - 澄田 智美、平岡 聡史、臼井 けい子、伏信 進矢、布浦 拓郎
深海微生物叢情報を利用したβ-GalNAc含有糖鎖に作用する新規糖質分解酵素群の発見
日本微生物生態学会第36回浜松大会, 28 Nov. 2023 - Kanae Kobayashi; Akiko Makabe; Masahito Shigemitsu; Satoshi Hiraoka; Miwako Tsuda; Masayuki Miyazaki; Tomomi Sumida; Hidetaka Nomaki; Takuro Nunoura; Shinsuke Kawagucci
Combined molecular and stable isotopic analyses reveal the microbial nitrogen cycle in the deep-sea sediments
JSME36, 28 Nov. 2023 - 澄田 智美、平岡 聡史、臼井 けい子、石渡 明弘、伏信 進矢、布浦 拓郎
深海微生物叢情報を利用した新規糖質分解酵素の探索〜新規酵素群の分子進化と機能の多様性を紐解く〜
第96回日本生化学会大会, 01 Nov. 2023 - 澄田 智美、平岡 聡史、臼井 けい子、石渡 明弘、伏信 進矢、布浦 拓郎
深海微生物叢情報を利用した新規糖質分解酵素の探索〜新規酵素群の分子進化と機能の多様性を紐解く〜
第96回日本生化学会大会, 31 Oct. 2023 - 澄田 智美、平岡 聡史、臼井 けい子、石渡 明弘、伏信 進矢、布浦 拓郎
深海メタゲノム情報を利用した新規糖質分解酵素群の発見及び構造機能相関の解明
日本応用糖質科学会2023年度(第72回)大会, 13 Sep. 2023 - 澄田 智美、平岡 聡史、臼井 けい子、石渡 明弘、伏信 進矢、布浦 拓郎
深海メタゲノム情報を利用した新規糖質分解酵素群の発見及び構造機能相関の解明
日本応用糖質科学会2023年度(第72回)大会, 13 Sep. 2023 - 平岡聡史
高温環境微生物叢が持つエピゲノム機構の探究
ACT-X「環境とバイオテクノロジー」 第5回領域会議, 07 Aug. 2023 - 平岡聡史
海洋微生物叢を理解するためのゲノムシーケンス解析研究
第17回日本ゲノム微生物学会年会, 08 Mar. 2023, [Invited] - 平岡聡史
高温環境微生物叢が持つエピゲノム機構の探究
ACT-X「環境とバイオテクノロジー」 第4回領域会議, 21 Jan. 2023 - Satoshi Hiraoka, Miho Hirai, Masayuki Miyazaki, Hidetaka Nomaki and Takuro Nunoura
深海堆積物微生物叢の大規模メタゲノム解析と遺伝子・ゲノムデータベース構築
第11回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2022), 13 Sep. 2022 - 平岡聡史
Metaepigenomics reveals diverse DNA modifications in lake and marine prokaryotic and viral communities
18th International Symposium on Microbial Ecology (ISME18), 14 Aug. 2022 - 平岡 聡史
原核微生物が持つエピジェネティクスの理解に向けた海洋細菌群集のDNAメチル化修飾の系統網羅的解析
公益財団法人発酵研究所 第16回助成研究報告会, 03 Jun. 2022 - 平岡聡史、澄田智美、平井美穂、豊田敦、川口慎介、横川太一、布浦拓郎
海洋細菌叢・ウイルス叢が持つエピゲノムの多様性
日本微生物生態学会第34回大会, 31 Oct. 2021 - 平岡聡史
Diverse DNA modification in marine prokaryotic and viral communities
2021 PacBio Japan Virtual User Group Meeting, 12 May 2021, [Invited] - satoshi hiraoka
'Metaepigenomic' analysis for identification of unexplored prokaryotic DNA methylation in nature.
第94回日本細菌学会総会, 23 Mar. 2021, [Invited] - 平岡聡史
バイオインフォマティクスによる環境微生物生態へのアプローチ
第15回日本ゲノム微生物学会年会, 05 Mar. 2021, [Invited] - 平岡聡史 平井 美穂、西澤 学、松井 洋平、高井 研、野牧 秀隆、布浦 拓郎
北西太平洋海域から採取した深海・超深海堆積物の大規模菌叢構造解析
第13回日本ゲノム微生物学会年会, 06 Mar. 2019 - 平岡聡史
メタエピゲノム解析から明らかにする環境細菌叢のエピジェネティクスの多様性と新規DNAメチル化酵素
日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会第二回講演会, 05 Dec. 2018, [Invited] - satoshi hiraoka
Exploring microbial ecology using a metagenomics approach
Rinkai Hackathon 2018 Symposium, 10 Jun. 2018, [Invited]
Media Coverage
- 深海の微生物をDNAから調べる
毎日新聞, 毎日小学生新聞, 指令!海を探究せよ, 12 Nov. 2024 - 海洋微生物叢を対象としたメタエピゲノム解析に関する記事掲載
科学新聞社, 科学新聞, 4面, 18 Feb. 2022 - 発展する環境DNA(eDNA)領域
日経BP, 日経バイオテク, 13 May 2019
