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研究活動情報
論文
- Yusuke Tsuda; Yasuhiro Tanizawa; Thi My Hanh Vu; Yosuke Nishimura; Masaki Shintani; Haruka Abe; Futoshi Hasebe; Ikuro Kasuga; Miki Nagao; Masato Suzuki
VicMAG, an open-source tool for visualizing circular metagenome-assembled genomes highlighting bacterial virulence and antimicrobial resistance
bioRxiv, 2026年04月01日 - Yosuke Nishimura; Kensei Kaneko; Tatsuya Kamijo; Nanako Isogai; Maho Tokuda; Hui Xie; Yusuke Tsuda; Aki Hirabayashi; Ryota Moriuchi; Hideo Dohra; Kazuhide Kimbara; Chiho Suzuki-Minakuchi; Hideaki Nojiri; Haruo Suzuki; Masato Suzuki; Masaki Shintani
A replication-centered phylogeny illuminates the evolutionary landscape of bacterial plasmids
bioRxiv, 2026年03月30日
筆頭著者, 責任著者 - Masato Suzuki; Haruo Suzuki; Yosuke Nishimura; Hideaki Nojiri; Masaki Shintani
Enhancing plasmid typing with MOB-typer: resolving IncP and other incompatibility group misclassifications in Pseudomonas.
Microbial genomics, 2025年09月09日
11, 9
責任著者 - Takayoshi Fujiwara; Toshiaki Hosaka; Masumi Hasegawa-Takano; Yosuke Nishimura; Kento Tominaga; Kaho Mori; Satoshi Nishino; Yuno Takahashi; Tomomi Uchikubo-Kamo; Kazuharu Hanada; Takashi Maoka; Shinichi Takaichi; Keiichi Inoue; Mikako Shirouzu; Susumu Yoshizawa
Carotenoids bind rhodopsins and act as photocycle-accelerating pigments in marine Bacteroidota
Nature Microbiology, 2025年09月04日 - Syun-ichi Urayama; Akihito Fukudome; Pascal Mutz; Yosuke Matsushita; Yoshihiro Takaki; Yosuke Nishimura; Sofia Medvedeva; Mart Krupovic; Eugene V. Koonin; Takuro Nunoura
Identification of Obelisk-like covalently closed circular RNA replicon in hot springs by double-stranded RNA sequencing and expansion of the diversity of the Obelisk superfamily
bioRxiv, 2025年09月03日 - Mitsuhiro Yoshida; Sofia Medvedeva; Akihito Fukudome; Yuri I Wolf; Syun-ichi Urayama; Yosuke Nishimura; Yoshihiro Takaki; Eugene V Koonin; Mart Krupovic; Takuro Nunoura
“Paraxenoviridae”, a putative family of globally distributed marine bacteriophages with double-stranded RNA genomes
The ISME Journal, 2025年07月04日
［査読有り］ - Wenwen Liu; Komei Nagasaka; Junyi Wu; Hiroki Ban; Ethan Mimick; Lingjie Meng; Russell Y. Neches; Mohammad Moniruzzaman; Takashi Yoshida; Yosuke Nishimura; Hisashi Endo; Yusuke Okazaki; Hiroyuki Ogata
Giant viruses specific to deep oceans show persistent presence and activity
mSystems, 2025年06月24日
10, 12, e00932-25
［査読有り］ - Yuya Nagata; Norio Miyamoto; Keita Sato; Yosuke Nishimura; Yuki Tanioka; Yuji Yamanaka; Susumu Yoshizawa; Kuto Takahashi; Kohei Obayashi; Hisao Tsukamoto; Ken Takai; Hideyo Ohuchi; Takahiro Yamashita; Yuki Sudo; Keiichi Kojima
A repertoire of visible light-sensitive opsins in the deep-sea hydrothermal vent shrimp Rimicaris hybisae
Journal of Biological Chemistry, 2025年05月25日
301, 7, 110291, 110291 - Yosuke Nishimura; Kensei Kaneko; Tatsuya Kamijo; Nanako Isogai; Maho Tokuda; Hui Xie; Yusuke Tsuda; Aki Hirabayashi; Ryota Moriuchi; Hideo Dohra; Kazuhide Kimbara; Chiho Suzuki-Minakuchi; Hideaki Nojiri; Haruo Suzuki; Masato Suzuki; Masaki Shintani
A large-scale phylogeny of replication initiation proteins illuminates plasmid macroevolutionary landscape
bioRxiv, 2025年04月24日 - Mitsuhiro Yoshida; Sofia Medvedeva; Akihito Fukudome; Yuri I. Wolf; Syun-ichi Urayama; Yosuke Nishimura; Yoshihiro Takaki; Eugene V. Koonin; Mart Krupovic; Takuro Nunoura
“Paraxenoviridae”, a putative family of ubiquitous marine bacteriophages with double-stranded RNA genomes
bioRxiv, 2025年02月27日 - Takayoshi Fujiwara; Toshiaki Hosaka; Masumi Hasegawa-Takano; Yosuke Nishimura; Kento Tominaga; Kaho Mori; Satoshi Nishino; Yuno Takahashi; Tomomi Uchikubo-Kamo; Kazuharu Hanada; Takashi Maoka; Shinichi Takaichi; Keiichi Inoue; Mikako Shirouzu; Susumu Yoshizawa
Carotenoid pigments enhance rhodopsin-mediated phototrophy by light-harvesting and photocycle-accelerating
bioRxiv, 2024年11月09日 - Masumi Hasegawa-Takano; Toshiaki Hosaka; Keiichi Kojima; Yosuke Nishimura; Marie Kurihara; Yu Nakajima; Yoshiko Ishizuka-Katsura; Tomomi Kimura-Someya; Mikako Shirouzu; Yuki Sudo; Susumu Yoshizawa
Cyanorhodopsin-II represents a yellow-absorbing proton-pumping rhodopsin clade within cyanobacteria
The ISME Journal, 2024年11月01日
18, 1
［査読有り］ - Yosuke Nishimura; Kensei Kaneko; Tatsuya Kamijo; Nanako Isogai; Maho Tokuda; Hui Xie; Yusuke Tsuda; Aki Hirabayashi; Ryota Moriuchi; Hideo Dohra; Kazuhide Kimbara; Chiho Suzuki-Minakuchi; Hideaki Nojiri; Haruo Suzuki; Masato Suzuki; Masaki Shintani
Incompatibility groups of Pseudomonas plasmids revisited: comprehensive analysis of R-factors and their replicons
bioRxiv, 2024年09月03日
筆頭著者 - Justine Charon; Ingrida Olendraite; Marco Forgia; Li Chuin Chong; Luke S. Hillary; Simon Roux; Anne Kupczok; Humberto Debat; Shoichi Sakaguchi; Rachid Tahzima; So Nakagawa; Artem Babaian; Aare Abroi; Nicolas Bejerman; Karima Ben Mansour; Katherine Brown; Anamarija Butkovic; Amelia Cervera; Florian Charriat; Guowei Chen; Yuto Chiba; Lander De Coninck; Tatiana Demina; Guillermo Dominguez-Huerta; Jeremy Dubrulle; Serafin Gutierrez; Erin Harvey; Fhilmar Raj Jayaraj Mallika; Dimitris Karapliafis; Shen Jean Lim; Sunitha Manjari Kasibhatla; Jonathon C. O. Mifsud; Yosuke Nishimura; Ayda Susana Ortiz-Baez; Milica Raco; Ricardo Rivero; Sabrina Sadiq; Shahram Saghaei; James Emmanuel San; Hisham Mohammed Shaikh; Ella Tali Sieradzki; Matthew B. Sullivan; Yanni Sun; Michelle Wille; Yuri I. Wolf; Nikita Zrelovs; Uri Neri
〔Major achievements〕Consensus statement from the first RdRp Summit: advancing RNA virus discovery at scale across communities
Frontiers in Virology, 2024年04月04日
4
［査読有り］ - Yosuke Nishimura; Kohei Yamada; Yusuke Okazaki; Hiroyuki Ogata
〔Major achievements〕DiGAlign: Versatile and Interactive Visualization of Sequence Alignment for Comparative Genomics
Microbes and Environments, 2024年03月20日
39, 1, ME23061
［査読有り］
筆頭著者, 責任著者 - Mako Takada; Chunqi Jiang; Youta Sugai; Masumi Hasegawa-Takano; Takayoshi Fujiwara; Yuya Tsukamoto; Yu Nakajima; Yosuke Nishimura; Susumu Yoshizawa
〔Major achievements〕Draft genome sequences of three rhodopsin possessing Croceitalea sp. strains, isolated from the sea surface microlayer in Japan.
Microbiology resource announcements, 2024年02月16日
e0003824
［査読有り］ - Syun-ichi Urayama; Akihito Fukudome; Miho Hirai; Tomoyo Okumura; Yosuke Nishimura; Yoshihiro Takaki; Norio Kurosawa; Eugene V. Koonin; Mart Krupovic; Takuro Nunoura
〔Major achievements〕Double-stranded RNA sequencing reveals distinct riboviruses associated with thermoacidophilic bacteria from hot springs in Japan
Nature Microbiology, 2024年01月17日
9, 2, 514, 523
［査読有り］ - Syun-ichi Urayama; Akihito Fukudome; Miho Hirai; Tomoyo Okumura; Yosuke Nishimura; Yoshihiro Takaki; Norio Kurosawa; Eugene V. Koonin; Mart Krupovic; Takuro Nunoura
Distinct groups of RNA viruses associated with thermoacidophilic bacteria
bioRxiv, 2023年07月03日 - Susumu Yoshizawa; Tomonori Azuma; Keiichi Kojima; Keisuke Inomura; Masumi Hasegawa; Yosuke Nishimura; Masuzu Kikuchi; Gabrielle Armin; Yuya Tsukamoto; Hideaki Miyashita; Kentaro Ifuku; Takashi Yamano; Adrian Marchetti; Hideya Fukuzawa; Yuki Sudo; Ryoma Kamikawa
〔Major achievements〕Light-driven Proton Pumps as a Potential Regulator for Carbon Fixation in Marine Diatoms
Microbes and Environments, 2023年06月20日
38, 2, ME23015
［査読有り］ - Shiozaki Takuhei; Yosuke Nishimura; Susumu Yoshizawa; Hideto Takami; Koji Hamasaki; Amane Fujiwara; Shigeto Nishino; Naomi Harada
〔Major achievements〕Distribution and survival strategies of endemic and cosmopolitan diazotrophs in the Arctic Ocean.
The ISME journal, 2023年05月23日
［査読有り］
筆頭著者 - Keiichi Kojima; Shiho Kawanishi; Yosuke Nishimura; Masumi Hasegawa; Shin Nakao; Yuya Nagata; Susumu Yoshizawa; Yuki Sudo
〔Major achievements〕A blue-shifted anion channelrhodopsin from the Colpodellida alga Vitrella brassicaformis
Scientific Reports, 2023年04月28日
13, 1, 6974, 6974
［査読有り］ - Kento Tominaga; Nana Ogawa-Haruki; Yosuke Nishimura; Hiroyasu Watai; Keigo Yamamoto; Hiroyuki Ogata; Takashi Yoshida
〔Major achievements〕Prevalence of Viral Frequency-Dependent Infection in Coastal Marine Prokaryotes Revealed Using Monthly Time Series Virome Analysis.
mSystems, 2023年02月23日
8, 1, e0093122
［査読有り］ - Takuhei Shiozaki; Yosuke Nishimura; Susumu Yoshizawa; Hideto Takami; Koji Hamasaki; Amane Fujiwara; Shigeto Nishino; Naomi Harada
Distribution and survival strategies of diazotrophs in the Arctic Ocean revealed by global-scale metagenomic analysis
bioRxiv, 2022年10月30日
筆頭著者 - Yosuke Nishimura; Susumu Yoshizawa
〔Major achievements〕The OceanDNA MAG catalog contains over 50,000 prokaryotic genomes originated from various marine environments.
Scientific data, 2022年06月17日
9, 1, 305, 305
［査読有り］
筆頭著者, 責任著者 - Susumu YOSHIZAWA; Masumi HASEGAWA; Yosuke NISHIMURA
シアノバクテリアの光合成とは異なる光エネルギー利用機構
KAGAKU TO SEIBUTSU, 2022年04月01日
60, 4, 165, 167 - Susumu Yoshizawa; Tomonori Azuma; Keiichi Kojima; Keisuke Inomura; Masumi Hasegawa; Yosuke Nishimura; Masuzu Kikuchi; Gabrielle Armin; Hideaki Miyashita; Kentaro Ifuku; Takashi Yamano; Adrian Marchetti; Hideya Fukuzawa; Yuki Sudo; Ryoma Kamikawa
Proton-pumping rhodopsins in marine diatoms
bioRxiv, 2022年01月20日 - Kento Tominaga; Nana Ogawa-Haruki; Yosuke Nishimura; Hiroyasu Watai; Keigo Yamamoto; Hiroyuki Ogata; Takashi Yoshida
Prevalence of viral frequency-dependent infection in coastal marine prokaryotes revealed using monthly time series virome analysis
bioRxiv, 2021年09月23日
8, 1, e0093122 - Yosuke Nishimura; Susumu Yoshizawa
The OceanDNA MAG catalog contains over 50,000 prokaryotic genomes originated from various marine environments
bioRxiv, 2021年08月18日
9, 1, 305, 305
筆頭著者, 責任著者 - Masumi Hasegawa; Toshiaki Hosaka; Keiichi Kojima; Yosuke Nishimura; Yu Nakajima; Tomomi Kimura-Someya; Mikako Shirouzu; Yuki Sudo; Susumu Yoshizawa
A unique clade of light-driven proton-pumping rhodopsins evolved in the cyanobacterial lineage.
Scientific reports, 2020年10月07日
10, 1, 16752, 16752
［査読有り］ - 長谷川 万純; 保坂 俊彰; 小島 慧一; 西村 陽介; 中島 悠; 染谷 友美; 白水 美香子; 須藤 雄気; 吉澤 晋
シアノバクテリアの光合成とは異なる光利用：シアノロドプシンの発見
日本地球化学会年会要旨集, 2020年
67, 186, 186 - Kento Tominaga; Daichi Morimoto; Yosuke Nishimura; Hiroyuki Ogata; Takashi Yoshida
In silico Prediction of Virus-Host Interactions for Marine Bacteroidetes With the Use of Metagenome-Assembled Genomes.
Frontiers in microbiology, 2020年
11, 738, 738
［査読有り］ - Yusuke Okazaki; Yosuke Nishimura; Takashi Yoshida; Hiroyuki Ogata; Shin‐ichi Nakano
Genome‐resolved viral and cellular metagenomes revealed potential key virus‐host interactions in a deep freshwater lake
Environmental Microbiology, 2019年12月
21, 12, 4740, 4754
［査読有り］ - Daichi Morimoto; Kento Tominaga; Yosuke Nishimura; Naohiro Yoshida; Shigeko Kimura; Yoshihiko Sako; Takashi Yoshida
Cooccurrence of Broad- and Narrow-Host-Range Viruses Infecting the Bloom-Forming Toxic Cyanobacterium Microcystis aeruginosa.
Applied and environmental microbiology, 2019年09月15日
85, 18
［査読有り］ - Toshiaki Katayama; Shuichi Kawashima; Gos Micklem; Shin Kawano; Jin Dong Kim; Simon Kocbek; Shinobu Okamoto; Yue Wang; Hongyan Wu; Atsuko Yamaguchi; Yasunori Yamamoto; Erick Antezana; Kiyoko F. Aoki-Kinoshita; Kazuharu Arakawa; Masaki Banno; Joachim Baran; Jerven T. Bolleman; Raoul J.P. Bonnal; Hidemasa Bono; Jesualdo T. Fernández-Breis; Robert Buels; Matthew P. Campbell; Hirokazu Chiba; Peter J.A. Cock; Kevin B. Cohen; Michel Dumontier; Takatomo Fujisawa; Toyofumi Fujiwara; Leyla Garcia; Pascale Gaudet; Emi Hattori; Robert Hoehndorf; Kotone Itaya; Maori Ito; Daniel Jamieson; Simon Jupp; Nick Juty; Alex Kalderimis; Fumihiro Kato; Hideya Kawaji; Takeshi Kawashima; Akira R. Kinjo; Yusuke Komiyama; Masaaki Kotera; Tatsuya Kushida; James Malone; Masaaki Matsubara; Satoshi Mizuno; Sayaka Mizutani; Hiroshi Mori; Yuki Moriya; Katsuhiko Murakami; Takeru Nakazato; Hiroyo Nishide; Yosuke Nishimura; Soichi Ogishima; Tazro Ohta; Shujiro Okuda; Hiromasa Ono; Yasset Perez-Riverol; Daisuke Shinmachi; Andrea Splendiani; Francesco Strozzi; Shinya Suzuki; Junichi Takehara; Mark Thompson; Toshiaki Tokimatsu; Ikuo Uchiyama; Karin Verspoor; Mark D. Wilkinson; Sarala Wimalaratne; Issaku Yamada; Nozomi Yamamoto; Masayuki Yarimizu; Shoko Kawamoto; Toshihisa Takagi
BioHackathon series in 2013 and 2014: improvements of semantic interoperability in life science data and services
F1000Research, 2019年09月
8
［査読有り］ - Atsushi Shibukawa; Keiichi Kojima; Yu Nakajima; Yosuke Nishimura; Susumu Yoshizawa; Yuki Sudo
Photochemical Characterization of a New Heliorhodopsin from the Gram-Negative Eubacterium Bellilinea caldifistulae (BcHeR) and Comparison with Heliorhodopsin-48C12.
Biochemistry, 2019年07月02日
58, 26, 2934, 2943
［査読有り］ - Takashi Yoshida; Yosuke Nishimura; Hiroyasu Watai; Nana Haruki; Daichi Morimoto; Hiroto Kaneko; Takashi Honda; Keigo Yamamoto; Pascal Hingamp; Yoshihiko Sako; Susumu Goto; Hiroyuki Ogata
〔Major achievements〕Locality and diel cycling of viral production revealed by a 24 h time course cross-omics analysis in a coastal region of Japan
The ISME Journal, 2018年05月
12, 5, 1287, 1295
［査読有り］
筆頭著者 - Yosuke Nishimura; Takashi Yoshida; Megumi Kuronishi; Hideya Uehara; Hiroyuki Ogata; Susumu Goto
〔Major achievements〕ViPTree: the viral proteomic tree server.
Bioinformatics (Oxford, England), 2017年08月01日
33, 15, 2379, 2380
［査読有り］
筆頭著者 - Yosuke Nishimura; Hiroyasu Watai; Takashi Honda; Tomoko Mihara; Kimiho Omae; Simon Roux; Romain Blanc-Mathieu; Keigo Yamamoto; Pascal Hingamp; Yoshihiko Sako; Matthew B. Sullivan; Susumu Goto; Hiroyuki Ogata; Takashi Yoshida
〔Major achievements〕Environmental Viral Genomes Shed New Light on Virus-Host Interactions in the Ocean
mSphere, 2017年03月
2, 2, e00359-16
［査読有り］
筆頭著者 - Anjana Bhunchoth; Romain Blanc-Mathieu; Tomoko Mihara; Yosuke Nishimura; Ahmed Askora; Namthip Phironrit; Chalida Leksomboon; Orawan Chatchawankanphanich; Takeru Kawasaki; Miyako Nakano; Makoto Fujie; Hiroyuki Ogata; Takashi Yamada
Two asian jumbo phages, ϕRSL2 and ϕRSF1, infect Ralstonia solanacearum and show common features of ϕKZ-related phages
Virology, 2016年07月
494, 56, 66
［査読有り］ - Tomoko Mihara; Yosuke Nishimura; Yugo Shimizu; Hiroki Nishiyama; Genki Yoshikawa; Hideya Uehara; Pascal Hingamp; Susumu Goto; Hiroyuki Ogata
Linking Virus Genomes with Host Taxonomy
Viruses, 2016年03月01日
8, 3, 66, 66
［査読有り］ - Masaaki Kotera; Yosuke Nishimura; Zen-Ichi Nakagawa; Ai Muto; Yuki Moriya; Shinobu Okamoto; Shuichi Kawashima; Toshiaki Katayama; Toshiaki Tokimatsu; Minoru Kanehisa; Susumu Goto
PIERO ontology for analysis of biochemical transformations: Effective implementation of reaction information in the IUBMB enzyme list
JOURNAL OF BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2014年12月
12, 6
［査読有り］
筆頭著者 - Katayama T; Wilkinson MD; Aoki-Kinoshita KF; Kawashima S; Yamamoto Y; Yamaguchi A; Okamoto S; Kawano S; Kim JD; Wang Y; Wu H; Kano Y; Ono H; Bono H; Kocbek S; Aerts J; Akune Y; Antezana E; Arakawa K; Takagi T
BioHackathon series in 2011 and 2012: penetration of ontology and linked data in life science domains.
Journal of Biomedical Semantics, 2014年
［査読有り］ - Masataka Takarabe; Masaaki Kotera; Yosuke Nishimura; Susumu Goto; Yoshihiro Yamanishi
Drug target prediction using adverse event report systems: a pharmacogenomic approach
BIOINFORMATICS, 2012年09月
28, 18, I611, I618
［査読有り］ - Yosuke Nishimura
GENOME-WIDE ANALYSIS OF PLANT UGT FAMILY BASED ON SEQUENCE AND SUBSTRATE INFORMATION
Genome Informatics 2010, 2010年07月
［査読有り］
MISC
- 富永賢人; 晴気七菜; 藤原健太郎; 西村陽介; 西村陽介; 山本圭吾; 綿井博康; 左子芳彦; 緒方博之; 吉田天士
大阪湾における海洋微生物・ウイルスの群集ダイナミクスと生態学的相互作用解析
日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 2019年
13th - 緒方博之; BLANC‐MATHIEU Romain; HINGAMP Pascal; 西村陽介; 李岩沢; 吉田天士
マルチオミクス解析が明らかにする海洋ウイルスの多様性と存在意義
日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web), 2017年08月24日
19th, 59 (WEB ONLY) - 綿井博康; 本田貴史; 山本圭吾; 西村陽介; 五斗進; 緒方博之; 左子芳彦; 吉田天士
完全長ゲノムに基づく海洋ウイルスの定量的動態解析とその宿主微生物の推定
日本水産学会大会講演要旨集, 2016年03月26日
2016, 90 - 綿井博康; 西村陽介; 山本圭吾; 五斗進; 緒方博之; 左子芳彦; 吉田天士
genomic‐OTUを用いたメタゲノム解析による海洋ウイルスの季節変動
日本微生物生態学会大会(Web), 2016年
31st, 320 (WEB ONLY) - 綿井博康; 本田貴史; 山本圭吾; 緒方博之; 五斗進; 西村陽介; 左子芳彦; 吉田天士
次世代シーケンサーを用いた未知の海洋細菌-ウイルス感染系の推定
日本水産学会大会講演要旨集, 2015年
2015 - 西村陽介; 小寺正明; 時松敏明; 五斗進
後生動物10生物種におけるイントラジェニックmiRNAとホスト遺伝子の機能関連解析
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2012年
35th, WEB ONLY 1LBA-0755
講演・口頭発表等
- 西村陽介
メタゲノムビッグデータで 環境微生物の生合成ポテンシャルを理解する
日本農芸化学会2025年度大会, 2026年03月12日 - 西村陽介
微⽣物の⽣合成遺伝⼦群と その環境特性を理解する
第 20 回日本ゲノム微生物学会年会, 2026年03月06日 - 西村陽介
全球規模のメタゲノムデータを活用した研究と 比較ゲノム解析ツールの紹介
微生物生態学会 環境ウイルス研究部会 拡大研究交流会, 2026年03月02日, ［招待有り］ - 西村陽介
微生物進化を駆動する可動遺伝因子― メタゲノムデータと配列解析でその実像に迫る
第48回日本分子生物学会, 2025年12月04日, ［招待有り］ - 西村陽介
複製開始因⼦のビッグデータ解析で プラスミドの進化史を理解する
日本遺伝学会第97回大会, 2025年09月12日, ［招待有り］ - 西村陽介
RIP大系統樹で理解するプラスミドスフィア
第３回プラスミド研究会, 2025年08月25日, ［招待有り］ - 西村陽介
必須遺伝子を捉えてモビロームの進化を解明する
日本微生物生態学会 第37回大会, 2024年10月29日, ［招待有り］ - Yosuke Nishimura; Kensei Kaneko; Tatsuya Kamijo; Ryota Moriuchi; Hideo Dora; Kazuhide Kimbara; Chiho Minakuchi; Hideaki Nojiri; Haruo Suzuki; Masato Suzuki; Masaki Shintani
Reassessment of Pseudomonas plasmid incompatibility groups based on complete sequence information and molecular experiments
ISPB (International Society for Plasmid Biology) 2024, 2024年09月04日 - 西村陽介
公共メタゲノムビッグデータから見る抗生物質耐性遺伝子の分布と多様性
第97回日本細菌学会総会, 2024年08月09日, ［招待有り］ - 千葉 悠斗; ◯西村 陽介
RNAウイルスのゲノム複製を担う酵素RdRpの「特異な」進化
第18回日本ゲノム微生物学会年会, 2024年03月13日 - 西村陽介
データベースのMAG、信頼できますか？
日本微生物生態学会 第36回大会, 2023年11月30日, ［招待有り］ - Yuto Chiba; Yosuke Nishimura
How to report the divided RdRps
The First RdRp Summit, 2023年05月22日 - 西村陽介
公共メタゲノムデータで土壌微生物ダークマターに光を当てる
第70回日本生態学会大会, 2023年03月13日, ［招待有り］ - Yosuke Nishimura; Susumu Yoshizawa
〔Major achievements〕The OceanDNA MAG catalog: an unprecedented-scale genome resource of marine prokaryotes
ASME12 (Asian Symposium on Microbial Ecology), 2022年04月18日, ［招待有り］ - 西村陽介; 吉澤晋
〔主要な業績〕網羅的ゲノム解析で解明する海洋好気性光合成細菌の実像
第16回日本ゲノム微生物学会年会, 2022年03月02日 - 西村陽介; 吉澤晋
〔主要な業績〕データ解析で明らかにする海洋性0.2マイクロメートル透過性微生物の実態
日本微生物生態学会 第34回大会, 2021年10月31日 - 長谷川万純; 小島慧一; 中尾新; 西村陽介; 須藤雄気; 吉澤晋
褐虫藻の光利用:Symbiodiniaceae 科褐虫藻ロドプシンの探索と機能解析
日本微生物生態学会 第34回大会, 2021年10月30日 - 西村陽介; 吉澤晋
〔主要な業績〕メタゲノムから構築した5万ゲノムの海洋微生物カタログ
第10回生命医薬情報学連合大会, 2021年09月28日 - Kento Tominaga; Nana Haruki; Yosuke Nishimura; Hiroyasu Watai; Keigo Yamamoto; Hiroyuki Ogata; Takashi Yoshida
Monthly virome analysis in Osaka bay revealed prevalence of viral frequency dependent infection
Aquatic Virus Wrokshop (AVW) 10, 2021年07月01日 - 西村陽介; 吉澤晋
〔主要な業績〕オープン・ビッグデータ × メタゲノム解析 ―5万ゲノムの海洋微生物カタログ―
第21回マリンバイオテクノロジー学会, 2021年05月15日, ［招待有り］ - 西村陽介; 吉澤晋
〔主要な業績〕網羅的メタゲノム解析で構築する海洋微生物ゲノムカタログ
第15回日本ゲノム微生物学会年会, 2021年03月04日 - 長谷川万純; 西村陽介; 吉澤晋
シアノバクテリアの光合成とは異なる光利用：シアノロドプシンの発見
日本地球化学会 第67回オンライン大会, 2020年11月19日 - 西村陽介; 吉澤晋
〔主要な業績〕メタゲノム由来ゲノムにより解き明かす海洋微生物の多様性
第14回日本ゲノム微生物学会年会, 2020年03月 - Kyoji Horie; Hitomi Watanabe; Yosuke Nishimura; Hikaru Watanabe; Masahide Seki; Akio Seita; Kagayaki Kato; Yuichi Wakamoto; Jun Sese; Yutaka Suzuki; Takuji Yamada; Gen Kondoh; Junko Yoshida
Identifying the heterogeneity of ground state pluripotency in mouse embryonic stem cells and elucidating its regulatory mechanism
第42回日本分子生物学会年会, 2019年12月04日 - 長谷川万純; 西村陽介; 吉澤晋
褐虫藻Symbiodinium minutum 由来の ロドプシン遺伝子の探索と機能解析
2019年日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会, 2019年09月20日 - 吉澤晋; 西村陽介; 岩崎渉
メタゲノム中のダークマター機能性遺伝子の解析
日本微生物生態学会 第33回大会, 2019年09月13日 - 長谷川万純; 西村陽介; 吉澤晋
ロドプシンから探るシアノバクテリアの多様な光利用
日本微生物生態学会 第33回大会, 2019年09月11日 - 岡崎友輔; 西村陽介; 吉田天士; 緒方博之; 中野伸一
メタゲノム解析でひも解く淡水湖のファージの多様性と生態
日本微生物生態学会 第33回大会, 2019年09月11日 - 西村陽介; 吉澤晋
〔主要な業績〕網羅的なロドプシン系統解析から理解する微生物の進化と生態
日本微生物生態学会 第33回大会, 2019年09月11日 - 西村陽介; 岩崎渉; 吉澤晋
〔主要な業績〕環境間メタゲノム比較による新規光受容体遺伝子の探索
第8回生命医薬情報学連合大会, 2019年09月09日 - 富永賢人; 西村陽介; 山本圭吾; 緒方博之; 左子芳彦; 吉田天士
大阪湾の海洋微生物・ウイルスの生態学的相互作用解析
平成31年度日本水産学会春季大会, 2019年03月27日 - 西村陽介; 吉田天士; 五斗進; 緒方博之
〔主要な業績〕海洋におけるウイルス生態系の理解へ向けて
第8回生命医薬情報学連合大会, 2018年09月20日 - Yosuke Nishimura
〔主要な業績〕A multi-omics approach to elucidate marine virus ecology
RinkaiHackathon 2018 Symposium, 2018年06月10日, ［招待有り］ - 西村陽介
環境ゲノムに基づく海洋ウイルス研究の新展開
東京大学医科学研究所共同研究拠点事業 平成29年度 若手シンポジウム, 2017年11月13日, ［招待有り］ - 西村陽介; 吉田天士; 緒方博之; 五斗進
あなたのウイルスゲノムを分類します
日本微生物生態学会 第31回大会, 2016年10月23日 - 西村陽介; 吉田天士; 緒方博之; 五斗進
環境ウイルスゲノムの自動分類法
2016年 ファージ・環境ウイルス研究合同シンポジウム, 2016年10月22日 - 綿井博康; 西村陽介; 山本圭吾; 五斗進; 緒方博之; 左子芳彦; 吉田天士
Seasonal dynamics of marine viral communities in Japanese coastal area revealed by genomic OTUs analysis
東京大学大気海洋研究所共同利用研究集会 水圏微生物研究フォーラム 2016, 2016年08月09日 - 西村陽介; 綿井博康; 本田貴史; 三原知子; 大前公保; Romain Blanc-Mathieu; 山本圭吾; 佐子芳彦; 五斗進; 緒方博之; 吉田天士
完全ゲノムから定量化した海洋ウイルスの多様性とその宿主予測
東京大学大気海洋研究所共同利用研究集会 水圏微生物研究フォーラム 2016, 2016年08月09日 - Yosuke Nishimura; Hiroyasu Watai; Simon Roux; Pascal Hingamp; Yoshihiko Sako; Matthew B Sullivan; Susumu Goto; Hiroyuki Ogata; Takashi Yoshida
〔主要な業績〕Metagenomic whole genomes of marine DNA viruses
8th Aquatic Virus Wrokshop (AVW), 2016年07月13日 - Takashi Yoshida; Yosuke Nishimura; Watai Hiroyasu; Susumu Goto; Sako Yoshihiko; Hiroyuki Ogata
DIURNAL DYNAMICS OF NOVEL VIRUSES AND THEIR TRANSCRIPTION IN A JAPANESE COASTAL SEA BY READ MAPPING ANALYSES
8th Aquatic Virus Wrokshop (AVW), 2016年07月12日 - Yosuke Nishimura; Hiroyasu Watai; Takashi Honda; Kimiho Omae; Tomoko Mihara; Pascal Hingamp; Keigo Yamamoto; Yoshihiko Sako; Takashi Yoshida; Susumu Goto; Hiroyuki Ogata
Revealing complete genomes from metagenomes: a case study for viruses in the ocean
生命医薬情報学連合大会2015年大会, 2015年10月30日 - Yosuke Nishimura; Tomoko Mihara; Takashi Yoshida; Pascal Hingamp; Hiroyuki Ogata; Susumu Goto
A viral proteomic tree server and its application to a marine metagenomic study
日本微生物生態学会 第30回大会, 2015年10月18日 - 西村陽介; 綿井博康; 本田貴史; 三原知子; 山本圭吾; 左子芳彦; 吉田天士; 五斗進; 緒方博之
メタオミクスによる海洋ウイルスと微生物群集の経時的観測
NGS現場の会第四回研究会, 2015年07月01日
Works_作品等
メディア報道
- 微生物ダークマターに迫る（ぶらっとラボ）
朝日新聞, 夕刊3面, 2022年07月25日, 新聞・雑誌
