1984年

6,000m級深海潜水調査船の建造に向けての準備開始

1986年

基本設計を実施

1987年5月

三菱重工業株式会社 神戸造船所で建造開始の起工式

1988年2月

深海潜水調査船支援母船「よこすか」の建造開始

1988年7月

6,000m級深海潜水調査船の建造に向けての準備が開始

1989年1月

着水式で「しんかい6500」と命名

1989年4月

造船所による公式試運転開始

1989年8月

三陸沖日本海溝において、当時、現役の有人潜水調査船 として最大潜航深度となる6,527mを記録

1989年11月28日

建造造船所から引き渡し

1981年に完成し、1983年から調査潜航を行っている「しんかい2000」の建造及び運用で得られた様々な知見をもとに、1984年から6,000m級深海潜水調査船の建造に向け、潜水調査船開発検討委員会の発足等本格的な準備が開始された。1986年度に基本設計を行い、1987年5月に三菱重工業株式会社 神戸造船所で建造開始となる起工式が行われ、1989年1月の着水式（一般の船舶の進水式）で「しんかい6500」と命名された。
1988年1月に深海潜水調査船支援母船（以下、支援母船という）として建造が開始され、同年7月に進水式を行った「よこすか」とともに1989年4月から8月にかけて造船所による公式試運転が行われた。その間、計28回の試験潜航を実施し、1989年8月11日、三陸沖日本海溝においては当時、現役の有人潜水調査船として最大潜航深度となる6,527mを記録した。
1989年11月28日に建造造船所から引き渡しを受けた後、支援母船「よこすか」の引き渡し（1990年4月）までの間、建造造船所にて保管を行った。その間、「しんかい6500」運航チームにおいて、操作・取扱要領、チェックリストの整備等実海域での潜航の準備が行われた。

最大潜航深度となる6,527mを記録を達成 1989年8月

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