- 1999年8月~9月
- 初めてハワイ諸島周辺海域にて潜航調査を実施
- 1999年8月19日
- ハワイ諸島周辺で通算500回潜航達成
- 1999年8月28日
- ホノルル港にて一般公開を実施
- 1999年10月1日
- 潜航500回記念誌「潜水調査船「しんかい6500」 500回潜航記録」を発行
3月に5回の試験潜航、2回の訓練潜航を実施した。6月より日本海、三陸沖日本海溝にて14回の潜航調査を実施した。7月から9月まで、ハワイ諸島周辺海域において、初めて潜航調査を行い、29回の潜航を実施した。この海域では火山地質調査が目的であったので、海底に露出した急崖に沿って上昇して観察、航走しながら岩石を採取するのが主な作業であった。長い年月を経て風化した岩石は場所によっては、とても脆く作業中に崖が崩落する危険があったので、通常以上に慎重な操船が必要であった。
8月19日には通算500回潜航を達成した。8月28日にはホノルル港において一般公開を行った。10月から11月は南海トラフにて11回の潜航調査を実施した。

1999年の運航チーム
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