- 2011年3月11日
- 東北地方太平洋沖地震発生
- 2011年8月1日
- 第1254潜航 東北地方太平洋沖地震震源域における調査潜航開始
- 2011年8月3日
- 第1256潜航 地震の影響と思われる大きな亀裂を確認
- 2011年8月15日
- 東北地方太平洋沖地震震源域における調査潜航プレスリリース
- 2011年10月14日
- 第1274潜航 初の女性Co.パイロット調査潜航デビュー
- 2011年10月23日
- 三菱重工業神戸造船所へ里帰り 重査試験実施
- 2011年11月7日
- 大改造含む定期検査工事開始
2011年3月11日に東北地方太平洋沖地震発生した。機構整備場で中間検査工事中ではあったが、支障なく終了し、試験潜航、訓練潜航を実施した。機構が運航する各船舶は、震災直後から福島沖モニタリング調査、震源域付近の地形等調査を中心に実施されることとなり、「しんかい6500」投入との声が上がる中、海域の安全性等を鑑み、5月18日から5月28日、6月3日から6月23日、7月11日から7月28日に緊急航海を実施、「ディープ・トウ」17潜航、10,000m級フリーフォール式カメラシステムの投入2回実施され、東北地方太平洋沖地震余震域海底の状況を確認した。2011年7月5日「東北地方太平洋沖地震余震域での有人潜水調査船「しんかい6500」 潜航のための安全ガイドライン」を制定し、東北地方太平洋沖地震余震域へ「しんかい6500」が投入された。7月30日より8月14日の間、東北地方太平洋沖地震余震域において延べ8潜航が実施され、地震の影響と思われる大きな亀裂、バクテリアマットを確認した。この航海中においても余震が発生し、「東北地方太平洋沖地震余震域での有人潜水調査船「しんかい6500」 潜航のための安全ガイドライン」に沿って、潜航予定海域の「ディープ・トウ」による安全確認再調査が5潜航実施された。東北地方太平洋沖地震震源域における調査潜航終了後、その映像等は即日プレスリリースされ各報道機関を通じ、国民に届けることができた。
東北地方太平洋沖地震余震域海底の状況確認航海において家が屋根を上にして一軒そのままの状態で漂流しているところが何度か確認された。震災による被害の大きさを肌で感じた。
震源域の調査終了後は、千島海溝、日本海溝にてナギナタシロウリガイの調査、9月には水曜海山、鳥島東方沖、10月にパリスベラ海盆と調査を実施したのち、定期検査工事を実施した。
定期検査工事においては推進操縦装置を初めとする大規模な改造がなされる予定であったため、改造前の「しんかい6500」の重量・浮量バランスを確認するため、二十数年ぶりに三菱重工神戸造船所に里帰りし、重査試験を実施した。

2011年の運航チーム(10月25日、パレスベラ海盆での調査を終えて)
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