Fortran 90, Fortran 2003, CおよびC++のコンパイラが利用できます。いずれのコンパイラも、高度な自動ベクトル化機能と自動並列化(マイクロタスキング)機能を備えています。ここで、マイクロタスクとは、クレイ社のスーパーコンピュータで最初に提供されたマルチタスキングの一種であり、地球シミュレータのノード内並列化においても同じ機能が利用できます。ユーザは、ソースプログラムに指示行を挿入するか、コンパイラの自動並列化機能を利用するかのいずれかの方法によってマイクロタスキングを利用できます。また、OpenMPを使ってノード内並列化を行うこともできます。