地球シミュレータで使用されているOSは、NECの SXシリーズのスーパーコンピュータのために開発されたオペレーティングシステムです。SUPER-UXは、オペレーティングシステムとしてUNIX System Vをベースに、BSD及びSVR4.2MPからも機能を取り込み、更にスーパーコンピュータに必要な機能を強化したオペレーティングシステムです。