MarE3では、「ちきゅう」の能力を最大限に提供するため、科学掘削プロジェクトの計画から研究者のサポートまで、様々な科学支援を行っています。

例えば研究区画（ラボ）では、研究目的に合わせて採取した地質試料（コア）の処理・分析、それらの作業をスムーズに行うためのラボ運用計画の提案・準備と研究航海中の運用管理を行い、さらには、研究者の要望を取りまとめて長期的なラボ改善を計画し実施します。

そのほかにも、研究者の科学提案を技術的・コスト的限界を踏まえた掘削プロポーザルとして作成するための支援や、「ちきゅう」の活動に関する情報発信など、支援内容は多岐にわたります。